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LotjaGi5g1v0113300.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0113300
Transcript ID LotjaGi5g1v0113300.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description polyribonucleotide nucleotidyltransferase; TAIR: AT3G11964.2 RIBOSOMAL RNA PROCESSING 5; Swiss-Prot: sp|F4J8K6|RRP5_ARATH rRNA biogenesis protein RRP5; TrEMBL-Plants: tr|I1JFV5|I1JFV5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0113300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:22554039..22577598) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CCATAGTGTATGCATTCACCTTCCTATTCCATTACTCATCTTCCTCCGACCTAAACTAAAACCCTTCTTCTAAACCCTGC TCATTCAGAACGGTTCTGAAGCTAGAGCTCTGAGCCATGGCACCGCATGCTGCAAAATCGCCGATGAACAACGACAACAA CGACAAGCTTAAAGCGTCGAAGAAAAATTTCAAACCCAAGAGGGAACAAATCGGAGCCGCCACCACCAACGCCGCGAAGT CGGAGGCGCTCGCGGTGCAGCTCGAAGACGAGGTTCCCGATTTCCCCCGAGGTTCGCGACGATCGTTTTCGCTTTATTTT TGCCCTGTTTTGATGTTTACATTTGTGTTTGGTTTGAATTGAATGTGGATTTGTTGTGTTTTCTCTAGGAGGAGTGTTTT CGGTGAAGCGGAGGAAAGATTATGAGGAGTTTGACGGGGAGGATTATCCTAGGAAAGGGAAGAATAAGAAGAAAAAGGGG AGGAATGTTTCGAGTAAGAGTGATGAACTTGGAGATGATTGGGGCTCGCTTTCCGGCGATGGTATTACTGGGAAACTGCC GCGGCGTGTGAATAAAGTTACTCTTAAGGTAGTGTGCAGCAATTTGTAGAGTGGAGGGTGGGGTGCTTGTTGGTTATTAA TTTTATTTAATTTTGATAGCAATAACATGTTTTGTTTTTAAGCTCGTAGAATGACTTATTCTGATTTGAAGAGTGTAATT TCACAATGTAATTTCTAGTTAAGACTTTAGAGCATATGTCTAGTGAGTTTCAATGGTATATAACTATGTATGGTCTCGGA ATGAATGGCAACATGTATTAAACTAGGAAATTGGTTGTTTCATGATTGAGGGTAGGGTTTTTATATTTATGTCATGATGT CATGATAGGTTAGATGTTGAAAATAAGTTTTTTTCTTCACCCAATTTCATTTAGTTTTACATTCAAAATGTTAAGAGTTC 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0113300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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Protein sequence (LotjaGi5g1v0113300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

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Domain prediction

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Domains

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MobiDBLite 1595 1629 35 -
MobiDBLite 1607 1629 23 -
Gene3D 1620 1719 100 2.3E-11
SUPERFAMILY 1622 1733 112 2.05E-12
SMART 1643 1675 33 0.77
SMART 1677 1714 38 27.0
Gene3D 1720 1911 192 5.0E-36
SUPERFAMILY 1724 1907 184 1.9E-31
SMART 1751 1783 33 390.0
Pfam 1812 1908 97 1.4E-9
SMART 1820 1852 33 9.3
SMART 1854 1889 36 0.11

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Cellular component Nucleus A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent.
Biological process RNA processing Any process involved in the conversion of one or more primary RNA transcripts into one or more mature RNA molecules.
Biological process MRNA processing Any process involved in the conversion of a primary mRNA transcript into one or more mature mRNA(s) prior to translation into polypeptide.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0113300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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