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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi6g1v0134200 |
Transcript ID | LotjaGi6g1v0134200.1 |
Related isoforms 2 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | ATP-dependent RNA helicase family protein; TAIR: AT3G46960.2 RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1 protein; Swiss-Prot: sp|F4JAA5|SKI2_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH11; TrEMBL-Plants: tr|I1N032|I1N032_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0134200 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:38727012..38752561) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGATAACACATTTGCATATAAGAAAAAAATTGATACCTTCCTTAGGTAAATTGTCATTGCAATTTGCAACCACCTAAAAC CCGCGAAAATCAAAACCCTGCTTTGTTCTCCAAATCAAAACGAAAAAGCCAAAAGGAGTGAAATTAAAAGTGAATTATCA TTATTATTATCATTGAACAAAGCGAGAACACTGTGCCGCCCTAATGGATCCGATCCAAGCATCCAACGAGCTCTCTTTCC GGGTCGGGTTCACCGGCCACAGCGGCCACCTCCGCCTGGAGCCGCTGTCCACGGTGGAGCGTGACAACCCGCTGCGCTCC ATTCCCGACTTTATTATGGTCAGTCCCCTTAGCTCCATTTTCATACTCCTTAGGTTTTTGCTGCAATTTGTTAATTCATA GCAGCACTTGAATTGCAACCTCTAATCTTTCTGATTAATTTTCAATTATTTTGCCTTAATTGCTTTTTATGTGCTCACTA TTGTTGATTTGTATCACTGTTCAGTAATTATTCATTGGTTTTTTGAACATATTCAATTCAATTATAGACTCTATGAGGTT TTCTCAACCTGTTATCTATAGTAGGTTTTCGTAGAGGACTGGTTATAGCATAGAATTCATAGTAAAGATAAAAAAATTAT GATGTTCAGTATTCAGTTCCAAAACCCTGTGTTGCTGTTAGGTTGTGATGTGTGTAGTGTCGTGGAAAATTACAGACAAA TGCGACTAATATGACAGCAATTATGATTGTGGACTGCAATTTAAAACCATGCTTATAGGTAAACTATAGACCATTGTAGT CAAAATCCTGATTTAGTCCTACGATTATGTGATTAAAGTACACCTGGGCGATTAAAATCTGCCGCATAATCATTTTCTTG CTAAATCTCATCTTACACGTGATTAAAATCACATAACCGCACCTTAGTCCCGATTATGCGATTAAGCTCGGTCCGTTTGA 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GCCGTAGAAATTAATATGCCCTTGGGAATTCTGGGAGTTGATGTATCATTGGAATGATTAGTCATGGGAAATAGTTTACA TTTATATTCTTGGTTCTATAAATGTTAGATGTATTTATTTATTGTTTTGAAGTATATAAATATAAATATCAAGAATTCTC AGTGCTACTCAAACTTTTTCCTAGTCTATACTCAAACCTTAATCTATTCTCAAGTGCATCATTTTAAATCTACAAGATGT TAGAGTCTCATCTTAGGTGGTCTGGGCATGTATGGTGAAGACCTATAGAAGCACCTGAGGAGGTTGATCAGATGGAAGAG TCCAGTGGTTAGCGGTAGAGGTAGACTTGTCAAAGCTATAGGCCCAATCATTAAGTGGGATTACGATTAAATAATCTGTC TATAAACTTAATATATGATAGAGCATTATGACATAGACCAATCCATGAAGCTGACTCCACCTAGTGAGGTGTATTGTTAT AGAATTTGAATACTTCAGTAGATATTGAGCTAATTGATGCAGCAACAACCAACAGGTACTTATATCATAATTTATTTGCA GACTCAGGACCACTTGCTTGCGGTGGTTGTGAAAACTCCTTCTCAGAATAATAAGCTGTACATTGTTTTTATGATTAAAC CTGACATGCCATCACCAGTGGAAAAGGCCTCGAGTAGTGGTAATTTCCAGGATAAAAGCAGTGCATTTGACCAAGGTTAT TTTGTAAAGCCAAAATCAAGACGTGATGTTGAAGATCAATATACTATATCTGTTTCTGCTCGCAAAGCAAAAGGGGTCAT CAACATCAAATTGCCATATCGTGGATCTGCGTGTGGAATGAGCTATGAAGTCCGAGAAGTTGACAGTAAAGAGTTTCTAT GTATATGCAATAGAAAAATTAAAATCGACCAAGTTGGACTTCTTGAAGATGTTAACAAATCTGTTTACTCAAAGACAGTT CAGCTGCTCTTGGATTTGAAATCAGATGGAAATAAGTATCCTCCTGCTCTGGATCCTGTGAAAGGTATTGCCATTTTGGT TTACTGATGATATATATTTTGATAGTGTGTCCAACTTTTATAAATTGGACCTATGTTTGGCCAAAAAATATTTTCAAAAT AATAAAAAGAAAAGTATCATAATAAGTTTCTCTGAGGGATACCATCACTTTTACAAGTTTTTGCATGACGAGGTAATGGC ATATTAGAATTATAGAAGCCGTTTTTGGTCAATTAATTTTAAATAAAATTCTTTCCGTCCTACAATATTGATGTTTATCT AAGGTGTTGTCCATGTTCATTTAAAATTAATCTCTTAATTTTTTCAATTGTTACAAGTCCCTTCACCATGTTCCTTCTAC TTAAAATTCTCATTGTTATTTTCCAATCAAAAGTTTCACATGTTGAATTAATTAAATCATTTTAAACCTTATTTTAACAA ATTTCACCAACCAAAACTTTAAATCTTACTATAAAAAATTCCTAAATTTCCCCATTCTTCAAACCCTATTTTTCATCCTA CAAAATCTTTAAAATTTGATCAAAATTAGAATTAAATTTTATACTTTAATTGTTTTACTTCACAAATACATAAAACCCCA ATTTTTTTTATAGAATATGAGGATTTGAGAATTTTTTGTTGAAAAAAATTGATGGCAAGATCAAATTCTCTTAAATTTAA AAATAGAGGATTTGATTAGCTTAAAAAAACTTGTGGACTAAACTATCACAGCTGAAACAAGAGGGACTATAAGTGCAATT AAACATTTATTTTATTTTAACACTTTATTTCAAACCTATAGTAAGCCATCATTACTTTCATCCTTTTTTTTTCAGATCTA AAATTGAAAGATGTGGAACTTGTGACAACATACCGGGAGTGGACTAAATTATTGGAGAAGATGTCCCAGAATCAGTGTCA TGGGTGTATAAAATTGGAAGAACACCTAAAGTTAGCAAAAGAGATAAAAACACACAAAGATGAAGTTTATGAACTTCAGT TTCAAATGTCAGATGGTGCACTTAAACAGATGCCAGACTTTCAGGGCCGGGTACCACATTCATCTTCTTTTGGAGTTATG CTTGAAAAGAAATTCTGATAGTTTGTTTTATTCCTCAATCTTATGATGTCTTGTATTTCTTTGTACTATTTCTCCAGATA GATGTTTTGAAGGAAATTGGGTGCATTGATGAAGACCTCGTCGTTCAAATGAAAGGCCGTGTAGCTTGTGAGATGAATTC TGGGGAGGAATTGATATGTACTGAATGCTTGTTTGAGAACCAACTGGATGATCTGGAACCAGAAGAAGCAGTGGCGTTAA TGTCAGCTTTTGTGTTCCAGCAGAAGAATACGTCTGAGCCTTCACTCACACCCAAGCTGGCTGAAGCGAGACATAGGTAA ATTGCAATTGTCTATTTTTATGAAATGAAGTCTTCAAAAGATAAACATCCATACATAAGCTAAGTAAAAACCTAGATAAT TATTTTTATGATGCACGTTTGGAACCACATTATCAGCCATATGTATGGGGGTAAGAATCATGTTAATGTCAAAGCTCTCC CTCATAGCTTCTGGCTTGACGTGCCTACATTAGGATCCAGACACACTATATGCTGTCATTTTGTCTTTCTGCATCTTCAA AATTCAGATTGGAATCAAGATATGGATCCTAAAATGTGTTTGTTTCAGATTGTTCAAAACAGCAATAAGACTTGGAGAGC TTCAGGCGCATTTTAATTTACCAATAAGCCCTGAGGAGTATGCCCAAGAAAATCTCAAATGTGGTCTCGTTGAAGTGGTT TATGAATGGGCAAAGGTTTCCCTTCTACCAAAAATACTCCACTATTTAGTTCCATATTTTTCCATTGATTTCTGAGGAAC CAATCTATGTCTTTAATGCAGGGTACTCCGTTTGCTGAGATATGTGAGCTCACTGATGTTCCTGAAGGCCTAATTGTAAG GACCATTGTCCGGTTGGACGAGACGTGTCGGGAGTTCAAAAATGCTGCAGCTATTATGGGTAATTCTGCTCTGTGCAGAA AAATGGAAATTGCTTCTAATGCAATAAAGCGTGATATTGTATTTGCAGCTAGCTTGTATGTTACCGGTGTATGATCATTT GTTCAGCATGTTATTGTTTATTTGAACTTAATGCAGTCAATAGTCAATATCAAGGGGTGCTTTTGTATATAATGATCTCA TTTCATTTCATGCAAACCTTGTTTGTTCCTCATGTATGTTACCTTTTCTTTTTCGACGGTCTATTACTAAAAAAATGTTG TACTCATTCTGTAGAATACTTATTTCAATTGGCAATGCAACAGTTCACTGTTTTGTTTTGTGCATGTTTCTATGGCTTTA CCTAAGTATTCATAAATAGTTAAGTACCTAATTTAATATTATGATCATGTTTGAGAGGGTTTAGATCCAGTCATCAAAAT TTTAAGAACATGAATGTTATGAAGAAATTC
CDS sequence (LotjaGi6g1v0134200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi6g1v0134200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTSGAEESGPLPRTSAKDFVRGSINNRPFRPGGLDDSQGLERTLPPGASNGEWVLEIFNGGPAQTIPPSSKQGLDLGFLK PYPCSWNVYKEANSRQGSSDENLSGLSVQFDDLFKKAWEEDAVGEQEEDGHLSEVVPVKLEAEVDTTEISSRERESEMSL DDILSADSEGSKLHLDGFSDEVGQQRKEAWAMYEDSERIADRFHELVPDMALDFPFELDAFQKEAIYYLEKGESVFVAAH TSAGKTVVAEYAFALASKHCTRAVYTAPIKTISNQKYRDFCGKFDVGLLTGDVSLRPEASCLIMTTEILRSMLYRGADII RDIEWVIFDEVHYVNDVERGVVWEEVIIMLPRHINIILLSATVPNTIEFADWIGRTKQKKIRLTGTTKRPVPLEHCLFYS GELYKICESETFLPQGLKAAKDASKRRHLTAGGGSGSKPGSASHDNARVQKGENTSRVKQHGTNFSRTGKGYQNNGNGQS NWRAEASMWLMFINKLSKKSLLPVIIFCFSKNRCDRSADSMTGTDLTSSSEKSEIRLFCDKAFSRLKGSDRNLPQVVRVQ NLLRRGIGVHHAGLLPIVKEVVEMLFCRGVVKVLFSTETFAMGVNAPARTVVFDTLRKFGGKEFRQLLPGEYTQMAGRAG RRGLDKIGTVILMCRDRDELPEESDLKDVTVGSATHLESQFRLTYIMILHLLRVEELKVEDMLKRSFAEFHAQKKLPEMQ QILKLKLNQPTKAIECIKGEPTIEEYYNLYSEAEKYSNQISEAILQSPNVQPFLNTGRVVIVKSESTQDHLLAVVVKTPS QNNKLYIVFMIKPDMPSPVEKASSSGNFQDKSSAFDQGYFVKPKSRRDVEDQYTISVSARKAKGVINIKLPYRGSACGMS YEVREVDSKEFLCICNRKIKIDQVGLLEDVNKSVYSKTVQLLLDLKSDGNKYPPALDPVKDLKLKDVELVTTYREWTKLL EKMSQNQCHGCIKLEEHLKLAKEIKTHKDEVYELQFQMSDGALKQMPDFQGRIDVLKEIGCIDEDLVVQMKGRVACEMNS GEELICTECLFENQLDDLEPEEAVALMSAFVFQQKNTSEPSLTPKLAEARHRLFKTAIRLGELQAHFNLPISPEEYAQEN LKCGLVEVVYEWAKGTPFAEICELTDVPEGLIVRTIVRLDETCREFKNAAAIMGNSALCRKMEIASNAIKRDIVFAASLY VTGV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
MobiDBLite | 1 | 46 | 46 | - | – | |
PANTHER | 2 | 1202 | 1201 | 0.0 | – | |
PANTHER | 2 | 1202 | 1201 | 0.0 | – | |
PIRSF | 3 | 1201 | 1199 | 0.0 | ||
Pfam | 14 | 80 | 67 | 6.1E-9 | ||
Gene3D | 187 | 389 | 203 | 1.9E-68 | – | |
CDD | 211 | 387 | 177 | 5.59135E-105 | – | |
SMART | 214 | 394 | 181 | 3.1E-26 | ||
Pfam | 221 | 367 | 147 | 7.1E-15 | ||
ProSiteProfiles | 226 | 381 | 156 | 21.21 | ||
SUPERFAMILY | 230 | 655 | 426 | 1.44E-41 | ||
Gene3D | 390 | 678 | 289 | 1.9E-84 | – | |
MobiDBLite | 424 | 478 | 55 | - | – | |
MobiDBLite | 456 | 478 | 23 | - | – | |
CDD | 492 | 655 | 164 | 1.06367E-47 | – | |
ProSiteProfiles | 495 | 692 | 198 | 10.768 | ||
SMART | 557 | 643 | 87 | 1.3E-14 | ||
Gene3D | 685 | 1192 | 508 | 1.3E-121 | – | |
Pfam | 700 | 999 | 300 | 6.2E-42 | ||
Gene3D | 707 | 1000 | 294 | 1.3E-121 | – | |
Gene3D | 775 | 929 | 155 | 1.3E-121 | – | |
SMART | 1023 | 1201 | 179 | 2.8E-86 | ||
Pfam | 1027 | 1196 | 170 | 1.1E-50 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. | ||
Molecular function | RNA helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a RNA helix. | ||
Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
Biological process | RNA catabolic process | The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of RNA, ribonucleic acid, one of the two main type of nucleic acid, consisting of a long, unbranched macromolecule formed from ribonucleotides joined in 3',5'-phosphodiester linkage. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0134200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…