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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0269600 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0269600.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Endoribonuclease Dicer-like protein 3; TAIR: AT3G03300.1 dicer-like 2; Swiss-Prot: sp|Q3EBC8|DCL2_ARATH Endoribonuclease Dicer homolog 2; TrEMBL-Plants: tr|I1L0G0|I1L0G0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0269600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:58406481..58420451) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCGGAATCCAAATCAGAAGCCCACAAATGGAGGTGGAATTCATTCAGAGTCCAGACTCTAGAGAGGTAAATTAAAAACTG CATATTCATTCATTCATTATGCTAAACTCTTCCTTTAATTTCTTGATTTATGATAATGACAATTTTGATCTCATATATAT TCTGTGCTTGTTAGTTGAATCATGAATGATCCTATTATATTTCTATATTTTTGTTTACATGATATTGGTATCATGTGTGC AATGAATGCGGTGCTACTGCAACACCTTTACCACCAGCTTTCTGGAAGCTTCATGGTTCTTGTTTCCTTTTAGGAGAAGC TTCACTGTGTTTTTGTTCTAGGGACTGAAGGTTGGGCCTCTGGGCCTAGTTAATTTAGAATAAGATTAGGCTTGACAAAA ATAAATAACATGATAGGTTGGTTTTTCTTTTTGAAAAATAGGGTTAGTTTAATTTTGACAAAAAAATGTTTTGGTTAATT AATTAAAAAAAATCAAGAATTTGAAGGAATTAGATATAGAAATGGCAAATTTTTTATTTTAATCAATTAATTTTTTTTCA AAAATAGACTTTTTTGTTGTTGTTTTGGTTATATAGGAAAGTAGAAAATAAAAAGAAATCAATAAATTAATACTGAATAT TTTTAATCATCATTTATAATTATTTTAATTTGTTCAATAGAAGAAATTTAAGTACTACTAATTTGTTGAATAATTGTGGA AAATCAATCAATTAATACTAATAATTTTAATTGACTGACAAAATTTAAATGATGATCTATATTCTAATTGTCTGTAACAA AAAAAAGAAAACCAAAAAGAAAATTCTAATTGTCTATTTATATAAGTAATTGTGTTTTTTGAAACCTATTTATAATAGTA ATTAAAGTTAATGCTGCGTGATTTCATGAAAAAAAAGTTGATTTACCTTCATGAAATTCAAGCTACTAGTAAGGAAAATG 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0269600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGTGGAAGAAGCGCTTCCGATGGAATTGGATAACCAGGTCGTTCCCGATGCTCTTCCATTTGCTAGAAGCTATCAGAT TGAAGCGTTGGATAAAGCAATCCGGGAAAATACCATTGTGTTTTTGGATACTGGTTCGGGCAAGACTTTGATAGCTATCA TGCTTCTTCGCAGCTATGCATATAGACTGCGAAAGCCTTCTACTTCCGTTGCAGTGTTCTTGGTTCCCACAGTTGTGTTG GTTAGCCAACAAGCTAAAGCCTTGGAAGCTCACACCGACTTAAAAGTGGGAATGTATTATGGAGATATGGGAGTTGATTT CTGGGATGCTGCTACGTGGAAACAGCAAATCGAGAAACAAGAGGTGCTTGTCATGACGCCTCAAATATTACTTGATTGCT TGAGGCATAGCTTTATTAAGCTACAAATGATCAAGGTTTTGATACTTGATGAATGCCACCATACAAAGGGCAGGCACCCC TATTCACGCATAATGACAGAGTTTTATCATCACCAATTACAATCTGGTATATCTGACCTCCCTCGAATTTTTGGGATGAC TGCATCTCCAGTTAAGTCGAAAGCTGGAAATTCTGAGTTGACCATGTCAAAATATATTCGGGATTTAATGACTCTAATGC ACTCAAAGGTTTATACATGTACAAGTGAAGCTGTTATCAGGGAGTTCATGCCAATCTCAACCCCAAAATTCAAGTTTTAT GAGGCAAATGCACTTGGAATTGTGTTTGAAGAATTAGCAATTAAACTCAAGAAGTTAAAAGAGCAGCATGAACTATTCCT TAGAAGTACAGATTTCACAAAATCAGCTACCGAGTATGCAGAAAAAAGAATAACAAAGTTCTTTTGTTCTTTGATGTATT GCTTGGAGGATCTTGGTGTTTGGCTGGCTTTCAAGGCTGCAGAGTCCTTATCTTCCAATGAAACTGGACCTCTTTCATGT GGTAACTCTGCAAATAAAACTGTTAAAATGTTTTGTTTGGCTACTGTTCAGGAACTGAAAACGTACTTACTATCTGGTCC TCAGCGATCTATTAGTGACAATATGAAACATGATGTGGAAACGGGGCTGTTAACCTCCAAAGTTTTCTGTCTTATTGACA CTCTACTTGAGTACAGGGATTTGACTGACCTGAGATGCATAGTTTTTGTGGAAAGGGTCATTACAGCCATTGTCCTTCCG ACTTTGTTAAATGCCGTGCTTCCAAAATACAATAGCTGGAAGACCAAGTTCGTTGCAGGAAATAATTGTGGATTGCAAAG TCAATCCAAGAAAGTGCATGATGGAATTGTGGACGATTTTCGTAAGGGATTGGTCAACATCATTGTTGCAACATCAATTC TTGAAGAGGGTATAGATGTTAAAAGTTGCAATTTGGTTATTAGATTCGACCCATGTCACAATGTGTGCAGTTTCATACAA TCCCGTGGCCGTGCAAGAATGCCCCATTCAGATTACATATTAATGGTTAAGAGTGGGGATTCAGTTACATGTTCAAGACT TGAGAAATACCTTTCTAGTGGGGATATTATGAGGAAGGAATCCTTGCGTCACTCTTCACTTCCATGTGATCCTTTAGAAA GTGATCTATTCCATGAGGAAACTTATCGTGTTGAAAGCACTGGAGCCATTGTCAATCTTATTTCTAGCATTGGTTTATTA CACTTGTATTGCTCACGGCTCCCTGCAGATGGGTACTTTAAACCGACTCCAAGGTGGGACAAAGATACTGGAACATTGTA TCTTCCTAAGAGCTGCCCTCTACCGGCTATTTCTGTACAAGGTGACCGAAAGATGTTAAAGAATATTGCATGCCTTGAAG CATGCAAACAACTTCATAAGATCGGAGCTTTAACAGATAAGCTTGTTCCTGATATTGTTGTTGAAGAACAAGAGGTGGAG GAATTTGGGAGTGAACCTTATGATGAGAAACAACCAAGTTATGTACCACGGGAATTAGTGAATCAGGTCTTGAAACACGG TGAAACAACCTACCATTGTTATTTGATAGAGTTAAAACAAAATTTTAGCTATGATATCACTGTTCAAAACATCTATCTTG CAACGAGAGTTGAGCTCAATCGAGAAATTGCAAGCATGCAATTTGATATGGGTTTTGACAAAGGTTCCTTGTCAGTAAGC TTCATACACAAAGGAGCCATTCATCTTTCCCCAGATATGGTATCTTTATGTAAAAGATTCCAGGTTACTATCCTTAGAAT TCTTCTCGATCATAATATGGATAGGTTGCAAACTGCTTTAGAAAAGTGTTGTTTGGAAGATGGTCTTGAGATTGATTATC TTCTGCTTCCAAGTATGGTTAATGAGCAAGGACCAACTATTGATTGGCTTACTGTTAATTCGGTAAATTCATCTAAGATT GGATGTCAGGATCACACACCCAATATACAAACCAAAGATGGTCTAGTTTGCCGTTGCATAATACAAAATTCTTTGGTTTG TACTCCTCATAATGGTTATATTTATATCACCACTGGTATGATGAATTTGGATGGAACCTCTCCTCTAAAACTTAAGAGTG GTGAAGTAATTACGTACAAGAACTACTTTAAAAAGAATCATGGCACACAATTGTATTTTGAACATCAACGGCTACTTAAG GCAAAACGCATTTTTCAAGTTAAAAATTACTGTCATGGACCCAAACAAGAGAAGGATAGAGAAGCAAGCAAGACATTTGT TGAATTGCCTCCTGAACTATGCTGTGTAATCATGTCACCAATATCAGACATTACCATTTATTCCTTCTCATTTATCCCTT CCATCATGCATAGACTTGAGTCTTTGCTTGTTGCTGTCAACCTAAAGATGCATATGGGTAGTCGCTGGTTGAATGAAATT CACGCACTCAAGGTCCTGGAAGCAATTACCACGAAAAGATGTAAGGAGACCTTCCATTACGAGTCTCTAGAGACTCTTGG AGATTCTTTTTTAAAATATGCTGTCACACAACATCTTTTTCAGGCATATCAAAATCACCATGAAGGTCTCCTTACTCTGA AGAGGGTCAAGATCATTTCTAATGCTGCCCTCTGTAAGTTAGGGTGCAGCTGTGGACTTCCGGGCTTCATACGAAATGAG CCTTTTGATCCTAATACTTGGATTGTTCCTGGTGATAAATCTGGAGGTTTGAAATTAAAAGAGTTGGTTTCCGATGGGAC TAAAGTTTATTTTAGTGGAATGAGAAATTTAAAACGGAAGATTATTGCTGATGTTGTTGAGGCACTTATTGGTGCCTTCC TTATCAGCGGTGGTGAAAATGCTGCCCTGTTGTTTATGGATTGGGTTGGTATTAAAGTTTGTTTTGATATCATACCCTAT GAGAGGCACTTTAGCACCTGTGTGGAGAAGCTAGTGCACATCAGCCTGCTAGAATCCAAATTAAAATACTCATTCCGTGA TAGTTCTCTTTTGGTAGAAGCTCTAACACATGGTTCATACATGTTGCCGGAGGTGCCTACATGTTATCAGCGACTAGAGT TTCTTGGAGACTCAATATTGGATTATCTCATTACTGTGCATATGTATGAGAAATATCCTGGAATGTCACCCGGGCAGTTG ACTGACATGAGGGCAGCATCTGTAAATAACGACTGTTATGCATGGTCAGCCATTAAGGCTGGCTTGCATAAACACATACT CCATGTGTCACAGGATCTACATAAGCATATCACGGAGGCTCTCGAGAATTTTTACAGGTTGTCGTCATCATCAACTTTTG GATGGGACATAGACATGGAGACACCATTCCCTAAGGTACTTGGCGACATTATAGAGTCTCTGGCTGGAGCAATTCTTGTT GATTCAGGATACAATAAGGAGGCTGTGTGGAAAAGTATTAGACCTCTTTTGGAACCCCTTGTGACACCTGAAACATTCAA GCTCCATCCTGTCGCAGAGTTGCATATACTATGCCAGAGAAGAAATTATACTATGAATAAAAAATTGTACCGTGAAGATG GCGGTGATCTTAATTGTATAATAAAAGTAGAAACTGATGATGGGGTCATTCACCAGCACAAGTACAGGGGTCCTGCTGAT AGAAAAACAGCCCAGAAGCTAGTCTCCAAGGAAATTTTGAAGAGCTTGAAGCAGTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0269600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVEEALPMELDNQVVPDALPFARSYQIEALDKAIRENTIVFLDTGSGKTLIAIMLLRSYAYRLRKPSTSVAVFLVPTVVL VSQQAKALEAHTDLKVGMYYGDMGVDFWDAATWKQQIEKQEVLVMTPQILLDCLRHSFIKLQMIKVLILDECHHTKGRHP YSRIMTEFYHHQLQSGISDLPRIFGMTASPVKSKAGNSELTMSKYIRDLMTLMHSKVYTCTSEAVIREFMPISTPKFKFY EANALGIVFEELAIKLKKLKEQHELFLRSTDFTKSATEYAEKRITKFFCSLMYCLEDLGVWLAFKAAESLSSNETGPLSC GNSANKTVKMFCLATVQELKTYLLSGPQRSISDNMKHDVETGLLTSKVFCLIDTLLEYRDLTDLRCIVFVERVITAIVLP TLLNAVLPKYNSWKTKFVAGNNCGLQSQSKKVHDGIVDDFRKGLVNIIVATSILEEGIDVKSCNLVIRFDPCHNVCSFIQ SRGRARMPHSDYILMVKSGDSVTCSRLEKYLSSGDIMRKESLRHSSLPCDPLESDLFHEETYRVESTGAIVNLISSIGLL HLYCSRLPADGYFKPTPRWDKDTGTLYLPKSCPLPAISVQGDRKMLKNIACLEACKQLHKIGALTDKLVPDIVVEEQEVE EFGSEPYDEKQPSYVPRELVNQVLKHGETTYHCYLIELKQNFSYDITVQNIYLATRVELNREIASMQFDMGFDKGSLSVS FIHKGAIHLSPDMVSLCKRFQVTILRILLDHNMDRLQTALEKCCLEDGLEIDYLLLPSMVNEQGPTIDWLTVNSVNSSKI GCQDHTPNIQTKDGLVCRCIIQNSLVCTPHNGYIYITTGMMNLDGTSPLKLKSGEVITYKNYFKKNHGTQLYFEHQRLLK AKRIFQVKNYCHGPKQEKDREASKTFVELPPELCCVIMSPISDITIYSFSFIPSIMHRLESLLVAVNLKMHMGSRWLNEI HALKVLEAITTKRCKETFHYESLETLGDSFLKYAVTQHLFQAYQNHHEGLLTLKRVKIISNAALCKLGCSCGLPGFIRNE PFDPNTWIVPGDKSGGLKLKELVSDGTKVYFSGMRNLKRKIIADVVEALIGAFLISGGENAALLFMDWVGIKVCFDIIPY ERHFSTCVEKLVHISLLESKLKYSFRDSSLLVEALTHGSYMLPEVPTCYQRLEFLGDSILDYLITVHMYEKYPGMSPGQL TDMRAASVNNDCYAWSAIKAGLHKHILHVSQDLHKHITEALENFYRLSSSSTFGWDIDMETPFPKVLGDIIESLAGAILV DSGYNKEAVWKSIRPLLEPLVTPETFKLHPVAELHILCQRRNYTMNKKLYREDGGDLNCIIKVETDDGVIHQHKYRGPAD RKTAQKLVSKEILKSLKQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SMART | 18 | 228 | 211 | 2.0E-21 | ||
| PANTHER | 20 | 1377 | 1358 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 20 | 1377 | 1358 | 0.0 | – | |
| CDD | 22 | 222 | 201 | 2.49555E-88 | – | |
| Gene3D | 22 | 270 | 249 | 1.4E-66 | – | |
| Pfam | 25 | 188 | 164 | 3.7E-16 | ||
| ProSiteProfiles | 29 | 208 | 180 | 20.732 | ||
| SUPERFAMILY | 71 | 500 | 430 | 5.69E-40 | ||
| Gene3D | 360 | 516 | 157 | 3.2E-28 | – | |
| CDD | 366 | 496 | 131 | 9.99179E-48 | – | |
| ProSiteProfiles | 371 | 535 | 165 | 11.853 | ||
| SMART | 401 | 488 | 88 | 1.9E-9 | ||
| Pfam | 421 | 486 | 66 | 1.2E-15 | ||
| Gene3D | 551 | 641 | 91 | 3.6E-19 | ||
| Pfam | 556 | 630 | 75 | 1.4E-11 | ||
| ProSiteProfiles | 556 | 638 | 83 | 11.534 | ||
| SMART | 791 | 944 | 154 | 0.0086 | ||
| Gene3D | 802 | 919 | 118 | 6.2E-13 | – | |
| SUPERFAMILY | 808 | 919 | 112 | 7.06E-6 | ||
| Pfam | 817 | 940 | 124 | 5.4E-11 | ||
| ProSiteProfiles | 821 | 918 | 98 | 12.435 | ||
| ProSiteProfiles | 939 | 1098 | 160 | 24.269 | ||
| Gene3D | 958 | 1112 | 155 | 3.5E-30 | ||
| SMART | 963 | 1119 | 157 | 9.3E-30 | ||
| SUPERFAMILY | 965 | 1117 | 153 | 1.17E-31 | ||
| CDD | 966 | 1108 | 143 | 3.12304E-32 | ||
| Pfam | 981 | 1098 | 118 | 1.7E-25 | ||
| Gene3D | 1123 | 1305 | 183 | 2.5E-56 | ||
| ProSiteProfiles | 1134 | 1283 | 150 | 33.942 | ||
| SUPERFAMILY | 1134 | 1303 | 170 | 1.38E-38 | ||
| SMART | 1149 | 1306 | 158 | 5.1E-39 | ||
| CDD | 1149 | 1305 | 157 | 8.08698E-40 | ||
| ProSitePatterns | 1170 | 1178 | 9 | - | ||
| Pfam | 1170 | 1283 | 114 | 1.5E-20 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | Ribonuclease III activity | Catalysis of the endonucleolytic cleavage of RNA with 5'-phosphomonoesters and 3'-OH termini; makes two staggered cuts in both strands of dsRNA, leaving a 3' overhang of 2 nt. | ||
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Biological process | RNA processing | Any process involved in the conversion of one or more primary RNA transcripts into one or more mature RNA molecules. | ||
| Molecular function | Endoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters | Catalysis of the hydrolysis of ester linkages within ribonucleic acids by creating internal breaks to yield 5'-phosphomonoesters. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0269600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…