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LotjaGi1g1v0372300.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0372300
Transcript ID LotjaGi1g1v0372300.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Dicer-like protein 3; TAIR: AT3G43920.2 dicer-like 3; Swiss-Prot: sp|Q5N870|DCL3A_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 3a; TrEMBL-Plants: tr|K7KIB7|K7KIB7_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0372300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:85036555..85063016) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AAGTACACTGACAATAATACTTTGACTGCTCCCTTCAACACACTCTCTCTCACTCTCACACATTCACCTTTCTTCTTCTT TCTCTCTCGTCGTACATAAATTCAGAAGCAGCACAACCAGAACATTATTCTCCTCACACACACACACAATTGGTGTGTGT TTGTTTCTCCAATATAGCAGAGCATCATATCATAACCAGAACAATCAAACCAATTGTTTTCTCTCGTCTCTGCATTCAAT CGTTTCTCATCGCAATATGGATGATTCTTCACAACACACCAAGAATCCTCTCAAGCGAACCTTTGATCAATTATACACAA AGCCACAAGATGACGATTCTCCCACATTCATCAACATTGATCCCAGAAGGTTCTCCCCTTTTCTTCCCTGTTTTTGTTGT TAGTTTTGGTATTGAATTTTCTTTTTGTTTGATTTAATTCAGTTTTATCTGTATACCCCTTTTTGATTTTTGGTGTCTGA TTTGGGTTATGTTGCAATGCATGTCTGCATTTGCGTTTTTCATGTTCTGGGTATGTGGGGTTTTGAGCTGAATGATCATA AAAATAACATTTTTCCTTGTTCTGGGTGTGTGGGGTTTTGACCAGAATGATCATAAAAATAGTGTTTTTCCTTGTTTTTC TTGAATTCTTGACCTTTTTTCTGAGTTTTGGTGTTTGGTGAGGGTAATGTTGCATGTTTGCACTCACGAGTTTGGGGTTT ATTTTTTGGATAAAGGTATCAGAATGAGGTATTTCAAGTTGCAAGGAAGAGGAACACCATAGCAGTGTTGGATACAGGCA CTGGGAAAACCTTGATAGCAATAATGCTTATAAAAGACATTGCTCAAGCTATCAAGTCTAGTGGCAAGAAGAAGTTGATT ATAGTCTTGGCTCCAATCGTTCATCTTGTACATCAGGTTTTTTTTGCTTCATTTATTTTCACATGTGTGGTTGTTGAAAT 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Protein sequence (LotjaGi1g1v0372300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

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Domain prediction

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CDD 1259 1410 152 3.49028E-35
ProSitePatterns 1278 1286 9 -
Pfam 1278 1386 109 2.1E-20
ProSiteProfiles 1458 1481 24 8.834
CDD 1571 1654 84 4.29978E-5
Gene3D 1576 1656 81 5.9E-14

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Molecular function Ribonuclease III activity Catalysis of the endonucleolytic cleavage of RNA with 5'-phosphomonoesters and 3'-OH termini; makes two staggered cuts in both strands of dsRNA, leaving a 3' overhang of 2 nt.
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Biological process RNA processing Any process involved in the conversion of one or more primary RNA transcripts into one or more mature RNA molecules.
Molecular function Hydrolase activity Catalysis of the hydrolysis of various bonds, e.g. C-O, C-N, C-C, phosphoric anhydride bonds, etc. Hydrolase is the systematic name for any enzyme of EC class 3.
Molecular function Endoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters Catalysis of the hydrolysis of ester linkages within ribonucleic acids by creating internal breaks to yield 5'-phosphomonoesters.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0372300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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