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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0146500 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0146500.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cytosine-specific methyltransferase; TAIR: AT4G19020.1 chromomethylase 2; Swiss-Prot: sp|Q94F87|CMT2_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2PQY3|A0A0B2PQY3_GLYSO Cytosine-specific methyltransferase; Found in the gene: LotjaGi4g1v0146500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:23634746..23653198) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AATCTGCAAAATAAAAAAGTTGTCAGTGAGTAAGTGAGTCAATGCCCCACAGTTTCTTCTGTAATTAAGTGTTGCGTTGA AGAGTTAGATCCATCCGCTCCGCAGTTAAAACCCAACACGCCAGCCTCGTGCTTTTCACTTTACAATTCACTCTCTCTCT CACTCTCTCCTCTTCTCTGTGCTGTCCTACATTTCAATTGAAAACCGAAGCCAATTGAAATTCAACAGTGCTCACTCTGA AACCTCCACAACATTCTTCATCATCATCATCATCATCCATTCATCGTCATGATGAGATGAGATGAGATGCGATGATGAGA TCTCCAAAAACCAAATCCAAATCTGAAATCAGCTTAGCCCTCACTGTGAGGACGCATGCAGCGGAGCTCCGGCGGTCTCC GAGGATGAATTCTGCTCCGGCCGCCGCCAATGTGAGGAAAAGGAAGGGGAAGGTGGCGGAGATTACAATGTCGTCGGAGG GTAAGCCTTCCAGATTCGCAGCAGCTTCTCGTGCTATTGTTGTTCAGGTCTGTCATTCTCGAAATTCTCACCGCGATGTT TCTTTCATTTCTCTCTCTAATTTTTCCGTTTTTTATTTTTTTTATTTTATTGATCATCGTCTCAATTGTCTTGTTTTTTA CATATTAGTAATATTTTTTTATAATGTTGTTAGAATTATTATCTCGATTACAGTATTATTTGTGTGCATGCAAATTACAG CAATTTTTTTTTTTGGTATAGTTTCCGTTTTAATACTGCTGTTTTATTTAGTGAAAACGCATGATCTTTTTATGATTTTG GTAGTAAAAGTGAATCTGGGGATTTAAGGGTGAATGCAGGATAGTAGTTGAGTCCACATTAATTGGCTAAAATCTCTGTG CTGGGTGCTAGTATCTCTTTTTTTTTTGTCAGAAAGGAGAGTTAAATGGTTGGGCTTTTTAGGAAGTTAAAAATTAATTT 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CTCGTGATCTGCAAAGACATTCCAGAGCAATGTGTAGTCAGTATGTGTTGATTAAGAAAAATCAACTCGGTTATCGACCG ATTGAAATCAACTAATGACCAACAAAATCAATCTTTTGACGAAGAGTTTGTTCCTCTATGGGTCCTAAGACATTTTAAAG ATGTTTGATTGTAGTTTTTCAGTTTTTAAAATCTGTATTTAAAAAAAATTGAA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0146500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATGAGATCTCCAAAAACCAAATCCAAATCTGAAATCAGCTTAGCCCTCACTGTGAGGACGCATGCAGCGGAGCTCCG GCGGTCTCCGAGGATGAATTCTGCTCCGGCCGCCGCCAATGTGAGGAAAAGGAAGGGGAAGGTGGCGGAGATTACAATGT CGTCGGAGGGTAAGCCTTCCAGATTCGCAGCAGCTTCTCGTGCTATTGTTGTTCAGCTCAGGAACAGGTTCAACGAAGGT GAGTCTTCTTCTGCTCCTCTGAGGATGATGCATGCAGAGGAGCTCCGGCGGTCTCCGAGGCTGAATTCTGCTCTGGTCGA CGCCAATGTGAGGAAGAGGAAGGGGAAGGTGGCGGAGATTACAATGTCAGAGGGTAAGCCTTCCAGATTCGCAACAGCTT CTCGTGATATTGTTGTTCAGCTCAGGAACACGTTCAACGAAGGTGAGTGTTCTTCTGCTCCTCCGAGGATGACGCATGCA GCGGAGCTCCGGCGGTCTCCGAGGCTGATTTCCACTCCGGTCGTCGCCAATGTGAGGAAAAGGAAGGGGAAGGTGGCAGA GATGAAAATGTCGGAGGGTAAGCCCTCCAGATTCGCAACAGCTTCTCGTGGTATTGTTGTCCAGCATTCCGAAGTTGATG CAATCTCAGGAAACTCTTCTCCGAGAAATGACGATACAAAATGCTTGCGATGGTTTTCAGAGGCAAATGAAACCACCCCG TCCTGGGTTGAAAATGAGGGAACAAGATCTGATTACTTTTCCTTGTCTAAGTTAGATGACAACCTACCAATAAAGAAATG CAAAACATCTTCTGCTTTAACAGACAAAAGTATGAATAACAAAAACATTTCTTCCTTCTTTGGTGATCCAATACCTGATG ATGAAGCTCAGAAAAGATGGGGGTGGCGTTACGAATTGAAGGACAAAAAATGTAAAAATCAACAGTTCAAAATAAATGAG GATGAAGAAGATGAGATAATTGTAAATGTCAAATGCCATTATGCTCAAGCTAACATTGGGAATTGCATTTTTACTCTTGG CGATTGTGCATTTATTGAAGGTGAAGATGGGCAAAAACATGTTGGCAAGATTGTTGAGTTTTTTCAAACAACTGATAGCC AAAATTATTTCCGAGTCCAATGGTTTTACAGAATTCAAGATACAGTCATCCAAGATGAAGGTGATTTTCACGACAAGAGG CGTTTATTCTATTCATCAATAATGAACGATAACTTAATAGAATGCATACTAGCAAAAGTCAATGTTACACATATAAAACC TAGGGTTAATATGAATTTGACTTCTAATTCACCATCTGACTTTTATTATGATATGGAATACTGTGTGGATTACTCAACAT TTCGCAACATACCAACAGATAATCCTGCTAATATTACTGAGTTGTCAGCACCTGCTACCCATGAGAGTCTCTCAACAGAA GCTTCTTCAATAACCAAGAGTCCCCCCAGTTCTGAGTTGCACAAGACAGAATTAGAATTACTAGATCTCTATTCTGGCTG TGGTGGCATGTCAACTGGACTTTGCTTTGGGGCCAAAACTTCGTCAGTTAACCTTGTTGCGAGATGGGCTGTTGATAGTG ACAGGTCTGCAAGTGAAAGCTTGAGACTAAACCATTCTGCTACATATGTTAGAAATGAATCTGCTGAGGACTTTCTGGAA CTAGTGAAGGAGTGGGAAAAGCTATGCAAACGGTATAATGTCAGTGGCGCACAAAGAAAACTTCCATCACGGTCTAATAG CTCAGCAGAAAAGAAACAAGTGAATTCTCAGGCTCATGATACTGCTTCTGATGATGAAATTGAAGTTTCTAGGTTAGTTG ACATATGCTATAGTGACCCAAATGAGACAGGGAAACGTGGTCTATATTTCAAGGTGCGTTGGAAGGGTCACGGTGCAAGT GAAGATTCATGGGAACCAATTGAAAACTTAAGAAAGTGTAAGGAAAGCATCCAGGATTTTGTGAGAAAAGGGGTGAAATC AAAAATATTGCCTCGTCCTGGTGAGGTTGATGTTATTTGTGGGGGTCCTCCTTGTCAAGGAATTAGTGGATATAATCGCC ATAGAAACACTGCATCACCACTGGAGGATGAAAGAAATCGTCAGATTGTAGTTTTTATGGACATCGTGAAACTTTTGAAG CCTAAGTATGTTTTAATGGAGAATGTGGTTGACATATTAAAATTTGACAAGGGTTCACTTGGACGGTATGCATTAAGCCG TTTAGTACATATGAAGTACCAAGCAAGACTGGGAATACTCGCTGCTGGGTGTTTTGGTCTACCACAATTTCGATTGCGTG TTTTCGTGTGGGGTGCTCACCCTAGTGAGGTTCTACCTCAATTTCCATTGCCAACACATGATGTTATTGTTAAATACTGG CCTCCACTGGAGTTTGAGCGAAATGTTGTTGCTTATGACGAGGATCAACCTCGTGAAGTAGAGAAAGCTATTGTTATTCA AGATGCCATCTCTGATCTTCCTGCTGTCACAAACTTTGAAACTCGGGACCAAATGTCATATTGTAATCCTCCGGAAACAG AATTTCAAAGATATATACGGTCAACAGAATATGAAATGACTGGGTCAACATTGAATGAAACATCAGAGAAAATACCTTTA CTATATGATCACAGGCCCTGCTTGTTGTTTGAAGATGATTACCTACGTGTTTGTCAAATTCCAAAACAAAAGGGAGCGAA CTTCCGTGATCTGCCTGGTGTAGTTGTAGGAGCTGACAATGTGGTTAGGCGACATCCAACAGAGAATCCTGTGCTACCAT CTGGAAAGCCATTGGTCCCAGATTACGCCTTAACATTTGAGCAGGGGAAGTCTAAGAGGCCATTTGCACGGCTGTGGTGG GATGAAACAGTTCCTACTGCATTAACCACCCCAAGTTGTCATCACCAGGCAATACTACATCCAGTGCAGGATCGTGTCCT CACTGTACGAGAATTTGCAAGGCTGCAAGGGTTTCCTGATTACTATAGATTTAGTGGGACAGTGAAAGAGAGGTACTGTC AAATTGGAAATGCAGTTGCTGTTTCTGTTTCCCGGGCTTTAGGTCATTCCCTAGGAATTGCATATAGAAAGCTCAGTGGA AATGAGCCACTAATGACCCTCCCGCCCAAGTTCTCTCTCTCTAATTATCATCAGTTATCAAATGATCATCTTGGCCAGAA TTTGGATCCTCTGGAGCAAGAGACCGGAGGGAATCTGAATTCGAATGGAGCTGACTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0146500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MMRSPKTKSKSEISLALTVRTHAAELRRSPRMNSAPAAANVRKRKGKVAEITMSSEGKPSRFAAASRAIVVQLRNRFNEG ESSSAPLRMMHAEELRRSPRLNSALVDANVRKRKGKVAEITMSEGKPSRFATASRDIVVQLRNTFNEGECSSAPPRMTHA AELRRSPRLISTPVVANVRKRKGKVAEMKMSEGKPSRFATASRGIVVQHSEVDAISGNSSPRNDDTKCLRWFSEANETTP SWVENEGTRSDYFSLSKLDDNLPIKKCKTSSALTDKSMNNKNISSFFGDPIPDDEAQKRWGWRYELKDKKCKNQQFKINE DEEDEIIVNVKCHYAQANIGNCIFTLGDCAFIEGEDGQKHVGKIVEFFQTTDSQNYFRVQWFYRIQDTVIQDEGDFHDKR RLFYSSIMNDNLIECILAKVNVTHIKPRVNMNLTSNSPSDFYYDMEYCVDYSTFRNIPTDNPANITELSAPATHESLSTE ASSITKSPPSSELHKTELELLDLYSGCGGMSTGLCFGAKTSSVNLVARWAVDSDRSASESLRLNHSATYVRNESAEDFLE LVKEWEKLCKRYNVSGAQRKLPSRSNSSAEKKQVNSQAHDTASDDEIEVSRLVDICYSDPNETGKRGLYFKVRWKGHGAS EDSWEPIENLRKCKESIQDFVRKGVKSKILPRPGEVDVICGGPPCQGISGYNRHRNTASPLEDERNRQIVVFMDIVKLLK PKYVLMENVVDILKFDKGSLGRYALSRLVHMKYQARLGILAAGCFGLPQFRLRVFVWGAHPSEVLPQFPLPTHDVIVKYW PPLEFERNVVAYDEDQPREVEKAIVIQDAISDLPAVTNFETRDQMSYCNPPETEFQRYIRSTEYEMTGSTLNETSEKIPL LYDHRPCLLFEDDYLRVCQIPKQKGANFRDLPGVVVGADNVVRRHPTENPVLPSGKPLVPDYALTFEQGKSKRPFARLWW DETVPTALTTPSCHHQAILHPVQDRVLTVREFARLQGFPDYYRFSGTVKERYCQIGNAVAVSVSRALGHSLGIAYRKLSG NEPLMTLPPKFSLSNYHQLSNDHLGQNLDPLEQETGGNLNSNGAD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 12 | 12 | - | – | |
| SignalP_GRAM_POSITIVE | 1 | 11 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1 | 23 | 23 | - | – | |
| Phobius | 13 | 19 | 7 | - | – | |
| Phobius | 20 | 23 | 4 | - | – | |
| Phobius | 24 | 1085 | 1062 | - | – | |
| PANTHER | 140 | 1061 | 922 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 140 | 1061 | 922 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 279 | 443 | 165 | 1.9E-51 | ||
| ProSiteProfiles | 342 | 458 | 117 | 17.854 | ||
| SMART | 342 | 458 | 117 | 1.8E-17 | ||
| Pfam | 346 | 457 | 112 | 3.0E-9 | ||
| SUPERFAMILY | 498 | 1031 | 534 | 1.41E-73 | ||
| ProSiteProfiles | 498 | 1038 | 541 | 45.699 | ||
| PRINTS | 499 | 515 | 17 | 2.7E-12 | ||
| MobiDBLite | 580 | 603 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 580 | 596 | 17 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 601 | 667 | 67 | 2.92E-12 | ||
| CDD | 606 | 662 | 57 | 8.06727E-29 | – | |
| SMART | 606 | 665 | 60 | 8.8E-8 | ||
| ProSiteProfiles | 607 | 663 | 57 | 11.942 | ||
| Pfam | 608 | 662 | 55 | 1.3E-9 | ||
| Pfam | 670 | 1031 | 362 | 1.2E-36 | ||
| TIGRFAM | 674 | 1030 | 357 | 8.2E-33 | ||
| ProSitePatterns | 677 | 689 | 13 | - | ||
| PRINTS | 720 | 734 | 15 | 2.7E-12 | ||
| PRINTS | 766 | 779 | 14 | 2.7E-12 | ||
| MobiDBLite | 1063 | 1085 | 23 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Chromatin binding | Interacting selectively and non-covalently with chromatin, the network of fibers of DNA, protein, and sometimes RNA, that make up the chromosomes of the eukaryotic nucleus during interphase. | ||
| Molecular function | Methyltransferase activity | Catalysis of the transfer of a methyl group to an acceptor molecule. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0146500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…