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LotjaGi4g1v0146500.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0146500
Transcript ID LotjaGi4g1v0146500.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Cytosine-specific methyltransferase; TAIR: AT4G19020.1 chromomethylase 2; Swiss-Prot: sp|Q94F87|CMT2_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2PQY3|A0A0B2PQY3_GLYSO Cytosine-specific methyltransferase; Found in the gene: LotjaGi4g1v0146500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:23634867..23653147) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTTTCTTCTGTAATTAAGTGTTGCGTTGAAGAGTTAGATCCATCCGCTCCGCAGTTAAAACCCAACACGCCAGCCTCGTG CTTTTCACTTTACAATTCACTCTCTCTCTCACTCTCTCCTCTTCTCTGTGCTGTCCTACATTTCAATTGAAAACCGAAGC CAATTGAAATTCAACAGTGCTCACTCTGAAACCTCCACAACATTCTTCATCATCATCATCATCATCCATTCATCGTCATG ATGAGATGAGATGAGATGCGATGATGAGATCTCCAAAAACCAAATCCAAATCTGAAATCAGCTTAGCCCTCACTGTGAGG ACGCATGCAGCGGAGCTCCGGCGGTCTCCGAGGATGAATTCTGCTCCGGCCGCCGCCAATGTGAGGAAAAGGAAGGGGAA GGTGGCGGAGATTACAATGTCGTCGGAGGGTAAGCCTTCCAGATTCGCAGCAGCTTCTCGTGCTATTGTTGTTCAGGTCT GTCATTCTCGAAATTCTCACCGCGATGTTTCTTTCATTTCTCTCTCTAATTTTTCCGTTTTTTATTTTTTTTATTTTATT GATCATCGTCTCAATTGTCTTGTTTTTTACATATTAGTAATATTTTTTTATAATGTTGTTAGAATTATTATCTCGATTAC AGTATTATTTGTGTGCATGCAAATTACAGCAATTTTTTTTTTTGGTATAGTTTCCGTTTTAATACTGCTGTTTTATTTAG TGAAAACGCATGATCTTTTTATGATTTTGGTAGTAAAAGTGAATCTGGGGATTTAAGGGTGAATGCAGGATAGTAGTTGA GTCCACATTAATTGGCTAAAATCTCTGTGCTGGGTGCTAGTATCTCTTTTTTTTTTGTCAGAAAGGAGAGTTAAATGGTT GGGCTTTTTAGGAAGTTAAAAATTAATTTTTTTTGTAATAATTATTTCACGGAAAAAACGGTGGACTTACTCCTACTTAT 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TTAAGAAAAATCAACTCGGTTATCGACCGATTGAAATCAAC 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0146500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGATGAGATCTCCAAAAACCAAATCCAAATCTGAAATCAGCTTAGCCCTCACTGTGAGGACGCATGCAGCGGAGCTCCG GCGGTCTCCGAGGATGAATTCTGCTCCGGCCGCCGCCAATGTGAGGAAAAGGAAGGGGAAGGTGGCGGAGATTACAATGT CGTCGGAGGGTAAGCCTTCCAGATTCGCAGCAGCTTCTCGTGCTATTGTTGTTCAGCTCAGGAACAGGTTCAACGAAGGT GAGTCTTCTTCTGCTCCTCTGAGGATGATGCATGCAGAGGAGCTCCGGCGGTCTCCGAGGCTGAATTCTGCTCTGGTCGA CGCCAATGTGAGGAAGAGGAAGGGGAAGGTGGCGGAGATTACAATGTCAGAGGGTAAGCCTTCCAGATTCGCAACAGCTT CTCGTGATATTGTTGTTCAGCTCAGGAACACGTTCAACGAAGGTGAGTGTTCTTCTGCTCCTCCGAGGATGACGCATGCA GCGGAGCTCCGGCGGTCTCCGAGGCTGATTTCCACTCCGGTCGTCGCCAATGTGAGGAAAAGGAAGGGGAAGGTGGCAGA GATGAAAATGTCGGAGGGTAAGCCCTCCAGATTCGCAACAGCTTCTCGTGGTATTGTTGTCCAGCATTCCGAAGTTGATG CAATCTCAGGAAACTCTTCTCCGAGAAATGACGATACAAAATGCTTGCGATGGTTTTCAGAGGCAAATGAAACCACCCCG TCCTGGGTTGAAAATGAGGGAACAAGATCTGATTACTTTTCCTTGTCTAAGTTAGATGACAACCTACCAATAAAGAAATG CAAAACATCTTCTGCTTTAACAGACAAAAGTATGAATAACAAAAACATTTCTTCCTTCTTTGGTGATCCAATACCTGATG ATGAAGCTCAGAAAAGATGGGGGTGGCGTTACGAATTGAAGGACAAAAAATGTAAAAATCAACAGTTCAAAATAAATGAG GATGAAGAAGATGAGATAATTGTAAATGTCAAATGCCATTATGCTCAAGCTAACATTGGGAATTGCATTTTTACTCTTGG CGATTGTGCATTTATTGAAGGTGAAGATGGGCAAAAACATGTTGGCAAGATTGTTGAGTTTTTTCAAACAACTGATAGCC AAAATTATTTCCGAGTCCAATGGTTTTACAGAATTCAAGATACAGTCATCCAAGATGAAGGTGATTTTCACGACAAGAGG CGTTTATTCTATTCATCAATAATGAACGATAACTTAATAGAATGCATACTAGCAAAAGTCAATGTTACACATATAAAACC TAGGGTTAATATGAATTTGACTTCTAATTCACCATCTGACTTTTATTATGATATGGAATACTGTGTGGATTACTCAACAT TTCGCAACATACCAACAGCACCTGCTACCCATGAGAGTCTCTCAACAGAAGCTTCTTCAATAACCAAGAGTCCCCCCAGT TCTGAGTTGCACAAGACAGAATTAGAATTACTAGATCTCTATTCTGGCTGTGGTGGCATGTCAACTGGACTTTGCTTTGG GGCCAAAACTTCGTCAGTTAACCTTGTTGCGAGATGGGCTGTTGATAGTGACAGGTCTGCAAGTGAAAGCTTGAGACTAA ACCATTCTGCTACATATGTTAGAAATGAATCTGCTGAGGACTTTCTGGAACTAGTGAAGGAGTGGGAAAAGCTATGCAAA CGGTATAATGTCAGTGGCGCACAAAGAAAACTTCCATCACGGTCTAATAGCTCAGCAGAAAAGAAACAAGTGAATTCTCA GGCTCATGATACTGCTTCTGATGATGAAATTGAAGTTTCTAGGTTAGTTGACATATGCTATAGTGACCCAAATGAGACAG GGAAACGTGGTCTATATTTCAAGGTGCGTTGGAAGGGTCACGGTGCAAGTGAAGATTCATGGGAACCAATTGAAAACTTA AGAAAGTGTAAGGAAAGCATCCAGGATTTTGTGAGAAAAGGGGTGAAATCAAAAATATTGCCTCGTCCTGGTGAGGTTGA TGTTATTTGTGGGGGTCCTCCTTGTCAAGGAATTAGTGGATATAATCGCCATAGAAACACTGCATCACCACTGGAGGATG AAAGAAATCGTCAGATTGTAGTTTTTATGGACATCGTGAAACTTTTGAAGCCTAAGTATGTTTTAATGGAGAATGTGGTT GACATATTAAAATTTGACAAGGGTTCACTTGGACGGTATGCATTAAGCCGTTTAGTACATATGAAGTACCAAGCAAGACT GGGAATACTCGCTGCTGGGTGTTTTGGTCTACCACAATTTCGATTGCGTGTTTTCGTGTGGGGTGCTCACCCTAGTGAGG TTCTACCTCAATTTCCATTGCCAACACATGATGTTATTGTTAAATACTGGCCTCCACTGGAGTTTGAGCGAAATGTTGTT GCTTATGACGAGGATCAACCTCGTGAAGTAGAGAAAGCTATTGTTATTCAAGATGCCATCTCTGATCTTCCTGCTGTCAC AAACTTTGAAACTCGGGACCAAATGTCATATTGTAATCCTCCGGAAACAGAATTTCAAAGATATATACGGTCAACAGAAT ATGAAATGACTGGGTCAACATTGAATGAAACATCAGAGAAAATACCTTTACTATATGATCACAGGCCCTGCTTGTTGTTT GAAGATGATTACCTACGTGTTTGTCAAATTCCAAAACAAAAGGGAGCGAACTTCCGTGATCTGCCTGGTGTAGTTGTAGG AGCTGACAATGTGGTTAGGCGACATCCAACAGAGAATCCTGTGCTACCATCTGGAAAGCCATTGGTCCCAGATTACGCCT TAACATTTGAGCAGGGGAAGTCTAAGAGGCCATTTGCACGGCTGTGGTGGGATGAAACAGTTCCTACTGCATTAACCACC CCAAGTTGTCATCACCAGGCAATACTACATCCAGTGCAGGATCGTGTCCTCACTGTACGAGAATTTGCAAGGCTGCAAGG GTTTCCTGATTACTATAGATTTAGTGGGACAGTGAAAGAGAGGTACTGTCAAATTGGAAATGCAGTTGCTGTTTCTGTTT CCCGGGCTTTAGGTCATTCCCTAGGAATTGCATATAGAAAGCTCAGTGGAAATGAGCCACTAATGACCCTCCCGCCCAAG TTCTCTCTCTCTAATTATCATCAGTTATCAAATGATCATCTTGGCCAGAATTTGGATCCTCTGGAGCAAGAGACCGGAGG GAATCTGAATTCGAATGGAGCTGACTAG 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0146500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MMRSPKTKSKSEISLALTVRTHAAELRRSPRMNSAPAAANVRKRKGKVAEITMSSEGKPSRFAAASRAIVVQLRNRFNEG ESSSAPLRMMHAEELRRSPRLNSALVDANVRKRKGKVAEITMSEGKPSRFATASRDIVVQLRNTFNEGECSSAPPRMTHA AELRRSPRLISTPVVANVRKRKGKVAEMKMSEGKPSRFATASRGIVVQHSEVDAISGNSSPRNDDTKCLRWFSEANETTP SWVENEGTRSDYFSLSKLDDNLPIKKCKTSSALTDKSMNNKNISSFFGDPIPDDEAQKRWGWRYELKDKKCKNQQFKINE DEEDEIIVNVKCHYAQANIGNCIFTLGDCAFIEGEDGQKHVGKIVEFFQTTDSQNYFRVQWFYRIQDTVIQDEGDFHDKR RLFYSSIMNDNLIECILAKVNVTHIKPRVNMNLTSNSPSDFYYDMEYCVDYSTFRNIPTAPATHESLSTEASSITKSPPS SELHKTELELLDLYSGCGGMSTGLCFGAKTSSVNLVARWAVDSDRSASESLRLNHSATYVRNESAEDFLELVKEWEKLCK RYNVSGAQRKLPSRSNSSAEKKQVNSQAHDTASDDEIEVSRLVDICYSDPNETGKRGLYFKVRWKGHGASEDSWEPIENL RKCKESIQDFVRKGVKSKILPRPGEVDVICGGPPCQGISGYNRHRNTASPLEDERNRQIVVFMDIVKLLKPKYVLMENVV DILKFDKGSLGRYALSRLVHMKYQARLGILAAGCFGLPQFRLRVFVWGAHPSEVLPQFPLPTHDVIVKYWPPLEFERNVV AYDEDQPREVEKAIVIQDAISDLPAVTNFETRDQMSYCNPPETEFQRYIRSTEYEMTGSTLNETSEKIPLLYDHRPCLLF EDDYLRVCQIPKQKGANFRDLPGVVVGADNVVRRHPTENPVLPSGKPLVPDYALTFEQGKSKRPFARLWWDETVPTALTT PSCHHQAILHPVQDRVLTVREFARLQGFPDYYRFSGTVKERYCQIGNAVAVSVSRALGHSLGIAYRKLSGNEPLMTLPPK FSLSNYHQLSNDHLGQNLDPLEQETGGNLNSNGAD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 12 12 -
SignalP_GRAM_POSITIVE 1 11 11 -
Phobius 1 23 23 -
Phobius 13 19 7 -
Phobius 20 23 4 -
Phobius 24 1075 1052 -
PANTHER 140 1051 912 0.0
PANTHER 140 1051 912 0.0
Gene3D 279 443 165 1.9E-51
ProSiteProfiles 342 458 117 17.854
SMART 342 458 117 1.8E-17
Pfam 346 457 112 3.0E-9
ProSiteProfiles 488 1028 541 45.699
SUPERFAMILY 488 1021 534 1.22E-73
PRINTS 489 505 17 2.7E-12
MobiDBLite 570 586 17 -
MobiDBLite 570 593 24 -
SUPERFAMILY 591 657 67 2.75E-12
CDD 596 652 57 9.52168E-29
SMART 596 655 60 8.8E-8
ProSiteProfiles 597 653 57 11.942
Pfam 598 652 55 1.3E-9
Pfam 660 1021 362 1.2E-36
TIGRFAM 664 1020 357 8.1E-33
ProSitePatterns 667 679 13 -
PRINTS 710 724 15 2.7E-12
PRINTS 756 769 14 2.7E-12
MobiDBLite 1053 1075 23 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Chromatin binding Interacting selectively and non-covalently with chromatin, the network of fibers of DNA, protein, and sometimes RNA, that make up the chromosomes of the eukaryotic nucleus during interphase.
Molecular function Methyltransferase activity Catalysis of the transfer of a methyl group to an acceptor molecule.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0146500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…