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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0378800 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0378800.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Chromatin remodeling factor CHD3 (Pickle); TAIR: AT2G25170.1 chromatin remodeling factor CHD3 (PICKLE); Swiss-Prot: sp|Q9S775|PKL_ARATH CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE; TrEMBL-Plants: tr|A0A151TT78|A0A151TT78_CAJCA CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE; Found in the gene: LotjaGi1g1v0378800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:85909793..85928018) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCCGATAATCTGAGTTCTTGGTTAATTTGTTTGTCCTAAGTTTTGGATATATAAAGAGGTGCCTTTGTTGTTGAATGTTA AATCTCGTCACTGTCCAGGTGACTCTACCATCCATCCCTGTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACTCTCACCGC CATTTTTGCATTTTGTTTTTCTTTATTTATTTATTTATTCATTTTTATTCTCTCATTTCTCAGGCTTCGCTTTCTCCCGC GAAATTCCGCAGCTCCGTCGTCCAGATCGCCGGAAAATCCTGCACTCTACGGTACATCTCACTCTCAATTTCACTTCCAT CACTGATTGCTCTCAAAATTTCTCAAAAATGGGGGGTTTTCACTTTTCTCAAGTCTAGGGTTTCTGCTTTGTTTTTGGTA AATTGCAAGTGTTGTTGGGTGATACCATGCATGATCACCAAGAATTGACACTAACATGCTTTTCTTCTTCATCTGATTTG TTGGTTCAGTAGGGTACTGTTTTATCATGCTGTGTTGCATAGAATGCATTTGAGGGATTAGGTTTTATGGATTTATGTTT TTTCAAGCATCAATTTTGCTGCATTACGTGGGGAAAGTGTTCTTTTGGTCAGAAGGATACTATAAGATGATACGTTTGTT CCTGGATTTTGGGCTTCTGTGATTTTGATCCCTTTTGTTTCTGGGGTTGTGATCACCTGCACTTGACCATCCTTAGTGTT TGTTTTATATGAAATTGAAAGTAAAATATGTGAAGGGGAAAAAGTTAGAGCTACAGGATTGTGGTTACACCTTGTGCAGT TGGTAAACCAATTTTGTAGAGGATCTAGTTCCTTGTTTCAGGATTATAAACTTATTTCAAAGGAAAAATGTTAGCCTAGC CTGCCATTCTTTTCAGCCCTCCTTTGATGATTCTTGGTTCATTATGAAAATTGGTCACTCATTGGAGGGTTTGGTTGATG 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GCAGCTTTAGAAGATATTTCAGGTGCTTGTGATAATGATCCAAATCGCATGGAATTAGTTCGACTTTACAATGAGGTATA AGTACTACTGTACTCTCTTCATGTGCTGCTCTTTATATAGGATTACTTCATCATCTCTTTCAAGTTTCAACAAAAGATAG ATGGTGAAAAACAGTATTCTACTGAGTAGCTGTATCAACAATCTTTTTTCTGTATTTGCAGATGTGCAAGGTAGTGCTGG AAAATCCCATGGATTTAGGTCAAACATCCTTGGCGAGACAATCAGTAGATGCCAATGCGGTGAAGAATTTCCAACCACTA GAAAGCATTTGTGAAGATATCAACAGAATTCTTGCACCCACAGAAGACCAGCCAATTGCAGAAACGCCATTATTGAATTC AGATAACAAACCAGTGACCATATCACCACCAGCCCCTCAAGGAGACTGCAAACCTGATTCTTCAGCAGACGGCGAGAGTA AGGATATGGTAGTAGAATCTGAACCTAAAAAAGAAAGCTGTTCAAGCCTGGTGGATGAGAAGAATGAAAATCCAAGTCTT CCGGAGAAAAAGGAAAGTGATACAGAAATGAAAGAGGGTTTTGATGCTGGATTCGTTGTAGTGGATGATTAGGTGCAATA TATATACTAGACAGATATTTGTTGTACTGTGTATGATGATAGTGATCTCAATCAACATTTTTTAACTCATTGAAAGTGAA GTAGATTAAAAAGCAAAAGGCACTATAGCATTTGTAGTAGTTAAATTCCTTACAAACTAGTCCGTGGGGAACTTTTGTTC ATTTTTATGAGTTACGAGGATGAGGTCTTTACTTTGGAAGATTATGATCAATTGTATAATTTACTGTACGATAGCGTGTT ACCCTTGATTTCTGTTTGAGAATGAGCAGAGAAGATTGAATATTTTAACATAAAAGATTAATTTTC
CDS sequence (LotjaGi1g1v0378800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGTAGCTTGGTTGAGAGGCTTCGGGTAAGATCAGATCGCCGACCAGTTTACAATCTTGATGAGTCAGATGATGATGA TCTTTTACCTAAAAAACCTGGAACAGTTCTGGAAAATATGGAGAGGATAGTCAGAAGTGATGCGAAAGAGGATTCATGTC AAGCCTGTGGAGAAAGTGGAAATCTTCTGAGCTGTGAAACTTGCACGTATGCTTATCATTCCAAGTGTTTACTTCCACCA TTTAAAGGTCCTCTTCCAGACAACTGGAGGTGCCCTGAATGTGTTAGCCCACTTAATGATATTGATAAGTTACTTGATTG TGAGATGCGCCCTACTGTAGCTGATGACAGTGATGCCACAAAATTGGGGTCAAAACAAACTTTTGTTAAACAATACCTTG TTAAGTGGAAGGGGCTATCATATTTGCACTGCACATGGGTTCCAGAGAAAGAGTTTCTCAAAGCTTTTAAGAACCATCCT CGTCTAAAGACCAAAGTGAACAACTTCCATCGTCAAATGGCATCTGTCAATACTTCTGATGAAGACTTTGTTGCCATTCG TCCTGAATGGACTACAGTTGATCGGATAATTGCTAGCAGGGGTGGTGATGATGAAGAAAGGGAATATTTTGTGAAGTGGA AAGAGCTTCCATATGATGAATGCTATTGGGAATATGAGTCAGATATTTCTGCATTTCAGCCAGAAATAGAAAAATTCCAT AGATTACGGTCTAGATCCAGCAAACTTTCTTCCGGTAAGCAAAAAAGCAATTTTAAGGATGATGGGGAGTTGACAAAACA GCAGAAAGAATTTCAACAGTATGAAAATAGCCCCGAGTTTCTTTCAGGAGGTACTCTGCATCCATATCAGCTTGAAGGGT TGAACTTCTTACGATTTTCTTGGTCCAAGCAAACTCATGTTATACTCGCTGATGAAATGGGACTTGGTAAAACCATACAA AGTATTGCTTTCTTAGCATCCCTTTATAAAGAGGGTATCTCACCACATCTGGTGGTTGCTCCACTGTCAACATTGCGAAA CTGGGAACGGGAATTTGCAACATGGGCCCCTCAAATGAATGTCGTTATGTATGTTGGGTCTGCCCAAGCCCGTACTGTTA TAAGAGAGTACGAATTTTACTTTCCAAAAAAGCAGAAGAAGATCAAGAAAAAGAAATCTGGTCAAATAGTTAGTGAAAGC AAGCAAGATAGGATTAAGTTTGATGTCCTTTTGACATCATATGAGATGATCAACCTTGACACAACATCGTTGAAACCGAT AAAATGGGAATCCATGATAGTTGATGAAGGGCATCGTCTAAAAAATAAGGATTCAAAATTATTTTCTTCATTGACGCAAT ATTCTAGCAGGCATCGTGTGCTCTTGACTGGGACTCCACTTCAGAATAACTTGGATGAACTTTTTATGCTTATGCACTTC CTTGATGCTGGGAAGTTTGGAAGTTTAGAGGAGTTCCAGGAAGAATTTAAGGACATCAATCAAGAGGAACAGATTTCAAG GCTTCATAAAATGTTGGCCCCACATCTTCTGCGAAGAGTGAAGAAAGATGTCATGAAGGAACTACCACCCAAAAAGGAAC TTATCCTACGTGTTGAATTGAGCAGCAAACAGAAAGAATATTATAAGGCAATTTTGACTCGCAATTATCAGTTATTAACT CGTCGTGGTGGTGCACAGATTTCTCTTATTAATGTTGTTATGGAACTGCGCAAGCTCTGTTGTCATCCTTTCATGTTAGA AGGAGTTGAACCAGATATTGACGATCCAAAAGAATTCCACAAACAGCTGCTGGAATCGTCAGGGAAATTGCAATTGCTGG ACAAGATGATGGTAAAGCTTAAAGAGCAAGGGCATAGAGTCCTCATATATACCCAATTTCAGCACATGCTGGACTTGCTT GAAGATTACTGTTCTTACAAGAAATGGCTGTATGAAAGGATAGATGGCAAGGTTGGTGGAGCTGAAAGACAAATACGGAT AGATCGTTTTAATGCCAAAAATTCTTCAAGATTTTGCTTTCTTCTTTCTACTAGAGCTGGGGGATTGGGGATAAACCTCG CAACTGCTGACACAGTTATTATATATGATAGTGATTGGAATCCTCATGCTGATTTACAAGCTATGGCCAGAGCTCATCGA CTTGGACAGACTAACAAGGTGTTGATTTATAGGCTTATAACACGAGGAACAATTGAAGAAAGGATGATGGAGATGACTAA GAAGAAAATGGTGTTGGAACACCTTGTTGTAGGGAGGCTTAAGGCTCAAAATATTAATCAGGAAGAGTTGGATGACATCA TAAGGTATGGCTCGAAGGAATTATTTGCAGAAGAGAATGATGAAGCAGTAAAATCTCGCCAGATCCATTATGATGCAGCA GCTATCGATAGGTTGCTGGATCGTGACCAAGTTGGAGATGAAGAAACTACTCTGGATGATGAAGATGAAAATGGATTTCT GAAGGCCTTTAAGGTTGCAAATTTTGAGTATGTTGATGAAGCTGAGGCTGCAGCAGAGGCAGCACAAAAGAAAGCCATGG AGACTGTAAACAACAGCTCAGATAGAACACATTTCTGGGAGGAGTTGTTAGGAGACAAATATCAAGAGCATAAAGTCGAG GAGTTTAATACCTTGGGGAAAGGGAAGCGGAACCGCAAGCTGATGGTTTCTGTTGAGGACGACGACCTTGCTGGTCTAGA AGATGTAAGCTCTGATGGTGAAGATGACAATTATGAAGCAGAGCTTAGTGATGGTGAAACAAATTCTATTGGGGGCGGGG CTCCTATTGCTAGAAAGCCTTATAAAAAAAAAGCTCGTACGGATAGCACAGAACCACTTCCTCTGATGGAAGGTGAAGGA AAAGCGTTCAGAGTACTAGGTTTTAATCAAAATCAGAGAGCTGCGTTTGTGCAAATTTTAATGAGGTTTGGAGTTGGTGA TTTTGATTGGAAGGAGTTCACTTCCCGCATGAAACAGAAGACTTATGAAGAGATTAAAGATTACGGAACCCTTTTCTTGT CTCATATTGCTGAAGATATAACTGATTCCCTTACATTCACAGATGGTGTTCCAAAAGAAGGACTCCGAATTCAAGATGTG CTTGTTAGGATTGCAGTTCTTCTCTTGATAAGGGACAAAGTGAGGTTTGCATCAGAACATCCTCAAACTCCACTGTTTTC GGATGACATATTATCACGCTATTCAGGACTGAAGGGTGCAAAGATATGGAAGGAAGAGCATGATTTAGTTCTACTGCGTG CTGTGTTGAAACATGGGTATGGAAGGTGGCAAGCTATTGTTGATGATAAGGATCTGAAGATTCAGGAGCTCATCTGTCAG GAGTTGAATCTTCCCACGATAAATTTGCCATTACCAGGACAAGTTGGCTCTCAGGCACAAAATGGTGCAAATTTGACAAG TGCAGAAGTACCTGCCAATCAATCCAGGGAAAATGGTGGGAGTGACATAACAGCTGATGTTGCACAGGGTTCGGGTGATG CTAAGAACCAACCACAGTTATATCAAGACTCTTCCATATTATATCATTTTAGAGACATGCAGAGAAGACAGGTTGAGTTT GTAAAAAAGAGGGTTCTTCTCTTGGAAAAAGGACTCAATGCTGAGTACCAGAAAGAATACTTTGGTGGTCCAAAAGCAAA TGAAGTAACAAATGAACAACTTAAAAGTGAACCCAAGGCTGCAAATTTTCCGAGTTATAAATCAAGGGACATGGATACCC AAATGATTGATCAACTGCCACAAGTAGAAAAAATAGCTTTAGAAGATATTTCAGGTGCTTGTGATAATGATCCAAATCGC ATGGAATTAGTTCGACTTTACAATGAGATGTGCAAGGTAGTGCTGGAAAATCCCATGGATTTAGGTCAAACATCCTTGGC GAGACAATCAGTAGATGCCAATGCGGTGAAGAATTTCCAACCACTAGAAAGCATTTGTGAAGATATCAACAGAATTCTTG CACCCACAGAAGACCAGCCAATTGCAGAAACGCCATTATTGAATTCAGATAACAAACCAGTGACCATATCACCACCAGCC CCTCAAGGAGACTGCAAACCTGATTCTTCAGCAGACGGCGAGAGTAAGGATATGGTAGTAGAATCTGAACCTAAAAAAGA AAGCTGTTCAAGCCTGGTGGATGAGAAGAATGAAAATCCAAGTCTTCCGGAGAAAAAGGAAAGTGATACAGAAATGAAAG AGGGTTTTGATGCTGGATTCGTTGTAGTGGATGATTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0378800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSSLVERLRVRSDRRPVYNLDESDDDDLLPKKPGTVLENMERIVRSDAKEDSCQACGESGNLLSCETCTYAYHSKCLLPP FKGPLPDNWRCPECVSPLNDIDKLLDCEMRPTVADDSDATKLGSKQTFVKQYLVKWKGLSYLHCTWVPEKEFLKAFKNHP RLKTKVNNFHRQMASVNTSDEDFVAIRPEWTTVDRIIASRGGDDEEREYFVKWKELPYDECYWEYESDISAFQPEIEKFH RLRSRSSKLSSGKQKSNFKDDGELTKQQKEFQQYENSPEFLSGGTLHPYQLEGLNFLRFSWSKQTHVILADEMGLGKTIQ SIAFLASLYKEGISPHLVVAPLSTLRNWEREFATWAPQMNVVMYVGSAQARTVIREYEFYFPKKQKKIKKKKSGQIVSES KQDRIKFDVLLTSYEMINLDTTSLKPIKWESMIVDEGHRLKNKDSKLFSSLTQYSSRHRVLLTGTPLQNNLDELFMLMHF LDAGKFGSLEEFQEEFKDINQEEQISRLHKMLAPHLLRRVKKDVMKELPPKKELILRVELSSKQKEYYKAILTRNYQLLT RRGGAQISLINVVMELRKLCCHPFMLEGVEPDIDDPKEFHKQLLESSGKLQLLDKMMVKLKEQGHRVLIYTQFQHMLDLL EDYCSYKKWLYERIDGKVGGAERQIRIDRFNAKNSSRFCFLLSTRAGGLGINLATADTVIIYDSDWNPHADLQAMARAHR LGQTNKVLIYRLITRGTIEERMMEMTKKKMVLEHLVVGRLKAQNINQEELDDIIRYGSKELFAEENDEAVKSRQIHYDAA AIDRLLDRDQVGDEETTLDDEDENGFLKAFKVANFEYVDEAEAAAEAAQKKAMETVNNSSDRTHFWEELLGDKYQEHKVE EFNTLGKGKRNRKLMVSVEDDDLAGLEDVSSDGEDDNYEAELSDGETNSIGGGAPIARKPYKKKARTDSTEPLPLMEGEG KAFRVLGFNQNQRAAFVQILMRFGVGDFDWKEFTSRMKQKTYEEIKDYGTLFLSHIAEDITDSLTFTDGVPKEGLRIQDV LVRIAVLLLIRDKVRFASEHPQTPLFSDDILSRYSGLKGAKIWKEEHDLVLLRAVLKHGYGRWQAIVDDKDLKIQELICQ ELNLPTINLPLPGQVGSQAQNGANLTSAEVPANQSRENGGSDITADVAQGSGDAKNQPQLYQDSSILYHFRDMQRRQVEF VKKRVLLLEKGLNAEYQKEYFGGPKANEVTNEQLKSEPKAANFPSYKSRDMDTQMIDQLPQVEKIALEDISGACDNDPNR MELVRLYNEMCKVVLENPMDLGQTSLARQSVDANAVKNFQPLESICEDINRILAPTEDQPIAETPLLNSDNKPVTISPPA PQGDCKPDSSADGESKDMVVESEPKKESCSSLVDEKNENPSLPEKKESDTEMKEGFDAGFVVVDD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 1241 | 1240 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 1241 | 1240 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 35 | 100 | 66 | 8.6E-13 | ||
| ProSiteProfiles | 50 | 97 | 48 | 9.757 | ||
| SMART | 52 | 95 | 44 | 6.4E-11 | ||
| ProSitePatterns | 53 | 94 | 42 | - | ||
| Pfam | 53 | 95 | 43 | 9.7E-8 | ||
| SUPERFAMILY | 65 | 176 | 112 | 1.79E-18 | ||
| CDD | 97 | 171 | 75 | 2.86067E-19 | – | |
| SMART | 98 | 167 | 70 | 2.8E-6 | ||
| ProSiteProfiles | 99 | 181 | 83 | 10.241 | ||
| Gene3D | 101 | 174 | 74 | 1.5E-17 | – | |
| Pfam | 123 | 157 | 35 | 2.1E-9 | ||
| SUPERFAMILY | 176 | 242 | 67 | 7.33E-15 | ||
| Gene3D | 182 | 241 | 60 | 1.0E-15 | – | |
| CDD | 189 | 240 | 52 | 2.74678E-22 | – | |
| SMART | 189 | 244 | 56 | 1.9E-14 | ||
| ProSiteProfiles | 191 | 251 | 61 | 11.345 | ||
| Pfam | 192 | 241 | 50 | 1.6E-14 | ||
| SUPERFAMILY | 273 | 519 | 247 | 2.66E-54 | ||
| Gene3D | 278 | 528 | 251 | 3.0E-195 | ||
| SMART | 282 | 495 | 214 | 1.1E-32 | ||
| CDD | 286 | 519 | 234 | 8.87523E-94 | – | |
| ProSiteProfiles | 298 | 484 | 187 | 23.166 | ||
| Pfam | 307 | 585 | 279 | 2.4E-65 | ||
| SUPERFAMILY | 521 | 781 | 261 | 2.84E-66 | ||
| Gene3D | 529 | 753 | 225 | 3.0E-195 | – | |
| CDD | 607 | 733 | 127 | 1.08155E-56 | – | |
| Pfam | 609 | 722 | 114 | 1.1E-16 | ||
| ProSiteProfiles | 612 | 773 | 162 | 19.014 | ||
| SMART | 638 | 722 | 85 | 1.9E-22 | ||
| Coils | 838 | 858 | 21 | - | – | |
| Pfam | 842 | 902 | 61 | 1.9E-18 | ||
| SMART | 842 | 905 | 64 | 1.8E-18 | ||
| MobiDBLite | 905 | 922 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 905 | 954 | 50 | - | – | |
| SMART | 915 | 1071 | 157 | 2.9E-72 | ||
| Pfam | 937 | 1068 | 132 | 1.6E-58 | ||
| Gene3D | 1038 | 1140 | 103 | 4.5E-8 | – | |
| MobiDBLite | 1146 | 1178 | 33 | - | – | |
| MobiDBLite | 1342 | 1425 | 84 | - | – | |
| MobiDBLite | 1342 | 1356 | 15 | - | – | |
| MobiDBLite | 1369 | 1425 | 57 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0378800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…