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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0648200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0648200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase; TAIR: AT3G03710.1 polyribonucleotide nucleotidyltransferase; Swiss-Prot: sp|Q69LE7|PNP1_ORYSJ Probable polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|G7L1J6|G7L1J6_MEDTR Polyribonucleotide nucleotidyltransferase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0648200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:120577214..120603712) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTGAATGCACCGGTACTATCCATCAGTTTATTCTCATATACAAATTGGCACTCGTTATTCACTTTGATGTACATATTCCT AGCTCAAATATGATTGCTTCCCAAATACAAAGCCGATAACCCTAGCCCGCATCCGAGTAAAAAAAAAAAAAACGAAATAG CAGAATCGGATAACGGCACAGCAGCATTTCCTTCTCTTCTTGTCTTCCTCACTCACCACTCACTCCAACAACGACACCAG TAGCAGAATCGGAAATCCCTAACACGAGAAGATGCTAGCATGCTCTAGCAGCACCCTCCATGGCCGTGCCACACTTCACC AACCCTCTCACTTCCTCCTCCCCAACCCGCCTCTCCTCTTCCCTACCCGCCGCTGCTACCGCTTCGCCGGCAAATGCAAG CTCCGTTCTCTCTTTCCCACCACCAAAGGTGGTCTCGGCGGCTTCGCTGTCAGAGCTTCCTTGGAGGATCCTTCGGTGGT TCCAGAGTCCGCCGTCGACGTTGGTGCCCCGCAACCGTACTCCGTGAAGATTCCTGTTGGTGACAGACATGTAAGTTTGA TCATACAGATGTTGTTTTTGAAGGTTTCTGCTTTGTCTGGGAGTGTTTCGTGGTTGTGTGTGTTCTGTTTGGGGTGTGGA TTCTATTCAAATGCGTGTGAACTTTGTTTCTGTTCACGCTTCTGCTTGAAATTGTTTATGTTCATGTTTGTTTTCATTGG ATAGAGTTGAGTTTCTTGTCATTTGTAGAAGTTGAATAAGTTTTCCCCATCTGTTTGTTGACATTGTTTTGGTTTATTTC TCTCATCACTCATTTCCTTAATCTTCAAAAATTTCAGTTTAGTTTAATTTTTTTTGGAACATATTAGAAATTGAATTTCT AATTTATCTTCATTCATTATTTCAAAATACTCAAGAAGTAAGGTTTCATGGTCACTAAAATGGAAAGTCTCTCGTGTTAT 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TCTCTCTCCGGCAGCAGCAGCTTCTCAAGTTAATTATTTTTGTTACAAGCTATGCATATGATATATATGCTCTAGCTTGA GGGGAAGTGTTGTGTGAATTTCTCTCTTCGAGATGCTATTATTATATTGATCTAGGCTGACTTTATGCAATTTGGTTTGG TTTGGTTTTGAAGGTGACAGTGTCACCTTCGTTTGTTTTGTCTCGATTGTTTGGGTTTGGTTTCAGGGCTTCAGCTGCTA GTTGCGCTGGCCCACTCTCTAGTTGAGAGTTATTGGTTCTGGTTTTAGGGCTTCAGCTGTGAGTTGCGCTGGCCCACTCT CTAATGTTTGAGAGTTGTCTGTGTCAAAGTTGACACCATTGTTTGTCTTAGAAGCCATTAATTGATTGACTTCAAGTATG TTTTATTTATGTGTGATTGTTGTTGGTGAGTTCTTGCTTCAGCTTTGTTTTGTTTTCGGGCGTATTGTTGCTGTTTTTTC GCCCTTGTTTGCTAGCTCAGCTACCCTACGACACTCCAGAAGAATTGGTTTTTGTCTTGCATCAATTTCAGCCAGATCAA TTATGAGAAGTTGTCTTTTGCCGCCATGAATTTACTAGAAGTTTGAAAGGTTATTCAATTCAGAGATTCGCCAAGACCGT CATTATTAAGGGATATCTATTACGATACTTTTCTTCTTGAGTTCGATTTGTTACAAGCTTAAAGCTAAGTAAGCTGTAGC TTGAGGGGGAGTGTTGAATATATGTTAAGATTTAGTTTATTATTAGTGTTATCTCATAGAGATATAGTTAAGATTTGTTT ATCTATTTTAGATTAGTATCTATTTAAATAGAGATAATATCTATTTAGATAGAGATAGATTTAGATAGATTTAGTTTCTT TTTATCTCTTTGTTACTCTATATATATTGTAGTCTAGTCAAGTATTATGAAAAATACAAGTAATATTTTCATCAAATTCA AGTGGGTGTGTGTGTTTTTTATTATATATGCACTTGTGCACTTGCTAATCTTGGCAATGTGGGACTTCTTTGAGTCACCA CTTTATTATCTCTATTAGAGTAAACATTTTTATTTTAATTAAAATAGTTGGTAAAATTGTGTGAAAATTTGAAAGTAATC CTAAAGAGTGAAACATGACCTAGGGACTCACAGTGCACACGTGATGTACATTACTTACTAAATGCTTGTGAAACAACACT ACTTTTAATGATGATCTTTTTTTATTGCGAAAGAAAACTGCTCATCAAACTTCTATATATGTATTATTCTTCCTTCTATG TTTCAGGAACTGTGAAATCAAATCAATAGCTCCATATGGAGTTTTTGTAGAGATAGCTCCTGGACGAGAGGTACATACTT CCACCAAGTTGCCAAAAGCATAAATATTAGAAAAATGTAGTTTTATCTTTGCATGTTCTATTTCTTGTTTGTATCTCATA AATGCTTTAGAGCTGATATTTCGAATTGTGGTGTTTATACTTTATAGTTACTCTGATGGTTAGAAAAATGTATGTATTTG CTTTCGAAGTTTTTATTTGACTTGAGAATGCTTTAAAAGGTTTTAAAAGAAAAAAAAAAGGTGATTTCTCTAGAATGAAA GAAGTTGCAAGCTGTGTAACTCATATTTGGACATGTCTTATCATTTTATGTAGGGACTTTGCCATATTAGTGAACTGAGT TCAGGTTGGTTACCCAAGGCAGAAGATGTAAGCGTCTTCTTTTGATTATTTTTTCCTAAAAAAATCATTATGTGTAAATA ATGGTAGGATAATACTTCACTTACATTCTCCCAGGTTTTCAAAGTGGGAGATCGTATTGATGTAAAGCTTATAGAGGTAT GTCACACTCATTTTACTATTTGTCAGCTTTAAATTATGTTCAAAACTATCAGTTGTTCTGTACCCAGGTTTTAAGGGGCT TACGTTTTTCTTTTTTGTAACTTGATGGTGATTTCATCATAGCGGAGCTATTCCTCACATTTGATATTTGTCCGATGTGC TGTGTTAGATGTTCACACTTGAGGGCATTTTAAAAGCGCACAATATTCTATAGCCAGTTAACTAAATAATTAACCTGACT GGTTTTTGTTTTGCTTAGTGTTATGGAATAAAAAGTAATGATATTAATGTGTTTATGTAATTGTAGTAGTATAATTAGAT AATTAGGGTTAAGTTATTTATGAGCATCATTTGAGAGTAATTACTCCTGTCTTATGTTCTCTGTTTCTCTCCAGAAGACC CTACTCCTGTTTTATGTTCGCTGTTTCTCTCCATTAGACCCTTTCTCAAAACTAGCATACTACCTGTGGTATCAATAGTA CCACTAATTATTTTAACTAAATTTACGTGCAACCAATCAAATGATAGTTTAACATAAGCGCTAACAAAATTACTTTACAA AGTACTAACTGATTAAAAAAATTATTTTGCTAACTACTGAAATTAATCATTTATTAGTTGAATTAACCACTTTCATTTTG TGTTAACAACTTACCAACTGACTATCATTCTTTCACTAGGTATTGTTCTTGAGACTTGAGAAAGAATTAGTTTTGCTGGA TGTAAAATTATTTACCTTATATGATTGCCCAAATATTTATTCTGGGATACAATGTTTTGCTTTAATATTTCCTTCCCCGT TCTTATCATTTGAATTTCTTGCGGAAATTGGTAAAATACGATCAAGTCAACCACCTTTTAGTTAGTTGGATTACTGCCTT CTTAGTATGATATATGTGAATGATGTGATTCCTATGTTCATGGTTTCCCAATATTTGATTTTACCATAAATCATGGTAGG ATTCTCTCTCTAAGTGGTTTTAAGTGTGCTCTGCAGATAAATGACAAAGGACAGTTGCGTCTTAGTCACCGAGCTCTGCT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0648200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCTAGCATGCTCTAGCAGCACCCTCCATGGCCGTGCCACACTTCACCAACCCTCTCACTTCCTCCTCCCCAACCCGCC TCTCCTCTTCCCTACCCGCCGCTGCTACCGCTTCGCCGGCAAATGCAAGCTCCGTTCTCTCTTTCCCACCACCAAAGGTG GTCTCGGCGGCTTCGCTGTCAGAGCTTCCTTGGAGGATCCTTCGGTGGTTCCAGAGTCCGCCGTCGACGTTGGTGCCCCG CAACCGTACTCCGTGAAGATTCCTGTTGGTGACAGACATATTTTGGTTGAGACTGATCATATAGGAAGACAAGCAAGTGG TTCTGTTACAGTTACGGATGGGGAGACTATTGTGTACACAACTGTTTGTTTGGATGATGTTCCTAGTGAGCCATCAGATT TTTTCCCTCTTTCTGTGAATTATCAAGAGCGATTTTCAGCAGCTGGTCGCACTAGTGGAGGGTTTTTTAAACGAGAAGGA AAGACAAAGGATCACGAGGTGCTTATTTGTAGATTGATTGATAGGCCTCTGCGTCCTTCTATGCCTAAGGGCTTCTACCA TGAAACTCAAATATTATCTTGGGTTTTAAGCTATGATGGATTGCACTCCCCTGATTCTTTGGCTGTCACTGCAGCTGGTA TAGCAGTTGCGCTCTCAGAAGTGCCTATGTCAAAAACTGTTGCTGGAGTTCGAATTGGTCTTGTTGGTGATAAGTTTTTA GTAAATCCTACAACTGAGGAGATGGAAAACTCTGAGTTGGACCTCTTGCTGGCTGGCACAGATAGTGCAATATTGATGAT AGAGGGTTATAGCAATTTTCTTCCAGAAGAGAAGTTACTTGAAGCTGTAGAAGTTGGTCAGGATGCTGTTCGAGCAATCT GTAAAGAGGTAGCAGCTTTGGTCAAGAAATGTGGGAAACCAAAGATGTTTGATGCCATCAAGTTGCCTCCTCCTGAGCTT TATAAACATGTTGAAGAAATCGCTGGTGATGAGCTGGTAAAAGTTCTTCAAATTAGAAACAAAATACCAAGGAGGAAAGC CCTTTCATCATTAGAAGAAAAGGTTATTAAGATACTTACAGAAAACGGGGTTGTCACAAATGATGCTACCCAAAGGAGTA ATACCGAAACAATTGCGGAGATTCTTGAAGATGAGGATGAAGATGAGGAAGTTATTGTTGATGGTGAAGTTGATGAAGGT GATGTTCATATAAAGCCAACTGCTCGCAAACCAACCCCGTTATTTTCGGAGGTAGATGTGAAGTTGGTATTTAAAGAAGT CACATCAAAGTTTTTAAGGAAGCGCATAGTAGAGGGGGGGAAAAGGAGTGATGGGCGGAAACCAAACGAAATACGTCCAA TTAACTCTAGATGTGGGCTATTACCTAGAGCACATGGAAGCACTCTTTTTACAAGAGGCGAAACACAGTCACTAGCTGTT GTTACGCTTGGAGATAAGCAGATGGCACAACGGATAGACAATCTTATGGGTGTTGATGAATTCAAGAAGTTCTATCTGCA GTACTCCTTTCCTCCTTCATGTGTTGGGGAAGTTGGCCGGATTGGTGCGCCAAGTAGACGAGAAATTGGTCATGGGATGC TTGCTGAGAGGTCCCTAGAACCAATTTTGCCTTCTGACAAAGATTTCCCTTACACTATACGTGTTGAGAGTACTATAACA GAAAGCAACGGCTCTTCAAGCATGGCTTCTGTTTGTGGAGGTTGCTTAGCATTGCAAGATGCTGGGGTTCCTATTAAGTC AGCGATTGCTGGAATTGCGATGGGTATGGTACTGGACACGAAGGAATTTGGTGGAGATGGAACTCCACTTATTCTGTCAG ACATAACTGGTTCTGAAGATGCGTCTGGAGATATGGATTTTAAGGTTGCTGGGAACGAACATGGCATAACTGCATTTCAG ATGGACATTAAGGTGGGTGGAATTACTTTGCCCGTCATGAGAGAAGCACTTCTACAAGCTAGAGATGGCAGGAAGCATAT ACTTGGAGAGATGATGAATTGCTCGCCCCCTCCAGCAAAAATCCTTTCCAAGTATGCTCCTCTGATTCACATTATGAAGG TTAGGCCTGATAAAGTAAATCTTATAATTGGTTCTGGTGGGAAAAAAGTGAAGAGCATCATTGAGGAGTCCGGAATAGAG GCTATTGATACAGATGATAATGGCACGGTGAAAATATTTGCAAGGGATTTGTCTAGTTTAGAGAGGTCTAAAGCTATGAT TAGTAATTTGACAATGGTTCCGGCTATTGGCGATATATATAGGAACTGTGAAATCAAATCAATAGCTCCATATGGAGTTT TTGTAGAGATAGCTCCTGGACGAGAGGGACTTTGCCATATTAGTGAACTGAGTTCAGGTTGGTTACCCAAGGCAGAAGAT GTTTTCAAAGTGGGAGATCGTATTGATGTAAAGCTTATAGAGATAAATGACAAAGGACAGTTGCGTCTTAGTCACCGAGC TCTGCTTCCTGATACAGATCCAGACAATTCAGATTCAAATAGCCAAGCAAAAGATGGTATAGCTGAGGAGAAGATTGAAC AACCTAAGGATAAGATTAACACTCCCAAAGGCGACTCATCTAAAAGGAGTTCAAGGGACGATTCGGCACTTCCATCAAAA AAGTTTATCAGGAGAATGGTCAGCCCTTCCCAGGATAAACCTGTCACTAACAAGGACAAGATAAAGAGGAGTAGCAACAA AGCAGAGTCTGACAAAGATGAAAGTAGTTTGGTTAGTGAAGAGGCGTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0648200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLACSSSTLHGRATLHQPSHFLLPNPPLLFPTRRCYRFAGKCKLRSLFPTTKGGLGGFAVRASLEDPSVVPESAVDVGAP QPYSVKIPVGDRHILVETDHIGRQASGSVTVTDGETIVYTTVCLDDVPSEPSDFFPLSVNYQERFSAAGRTSGGFFKREG KTKDHEVLICRLIDRPLRPSMPKGFYHETQILSWVLSYDGLHSPDSLAVTAAGIAVALSEVPMSKTVAGVRIGLVGDKFL VNPTTEEMENSELDLLLAGTDSAILMIEGYSNFLPEEKLLEAVEVGQDAVRAICKEVAALVKKCGKPKMFDAIKLPPPEL YKHVEEIAGDELVKVLQIRNKIPRRKALSSLEEKVIKILTENGVVTNDATQRSNTETIAEILEDEDEDEEVIVDGEVDEG DVHIKPTARKPTPLFSEVDVKLVFKEVTSKFLRKRIVEGGKRSDGRKPNEIRPINSRCGLLPRAHGSTLFTRGETQSLAV VTLGDKQMAQRIDNLMGVDEFKKFYLQYSFPPSCVGEVGRIGAPSRREIGHGMLAERSLEPILPSDKDFPYTIRVESTIT ESNGSSSMASVCGGCLALQDAGVPIKSAIAGIAMGMVLDTKEFGGDGTPLILSDITGSEDASGDMDFKVAGNEHGITAFQ MDIKVGGITLPVMREALLQARDGRKHILGEMMNCSPPPAKILSKYAPLIHIMKVRPDKVNLIIGSGGKKVKSIIEESGIE AIDTDDNGTVKIFARDLSSLERSKAMISNLTMVPAIGDIYRNCEIKSIAPYGVFVEIAPGREGLCHISELSSGWLPKAED VFKVGDRIDVKLIEINDKGQLRLSHRALLPDTDPDNSDSNSQAKDGIAEEKIEQPKDKINTPKGDSSKRSSRDDSALPSK KFIRRMVSPSQDKPVTNKDKIKRSSNKAESDKDESSLVSEEA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 79 | 838 | 760 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 79 | 838 | 760 | 0.0 | ||
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| Gene3D | 81 | 311 | 231 | 1.9E-73 | ||
| SUPERFAMILY | 84 | 222 | 139 | 1.01E-41 | ||
| Pfam | 92 | 222 | 131 | 3.5E-17 | ||
| SUPERFAMILY | 225 | 309 | 85 | 9.69E-23 | ||
| Pfam | 227 | 288 | 62 | 1.5E-14 | ||
| SUPERFAMILY | 317 | 363 | 47 | 8.76E-5 | ||
| TIGRFAM | 415 | 827 | 413 | 2.3E-165 | ||
| SUPERFAMILY | 424 | 596 | 173 | 1.32E-45 | ||
| Pfam | 450 | 584 | 135 | 4.2E-21 | ||
| CDD | 450 | 678 | 229 | 8.06594E-130 | – | |
| SUPERFAMILY | 578 | 679 | 102 | 1.7E-22 | ||
| SUPERFAMILY | 683 | 751 | 69 | 6.75E-11 | ||
| Gene3D | 685 | 808 | 124 | 1.5E-35 | – | |
| SMART | 686 | 752 | 67 | 7.5E-5 | ||
| CDD | 687 | 747 | 61 | 2.04761E-20 | – | |
| ProSiteProfiles | 687 | 747 | 61 | 10.441 | – | |
| Pfam | 692 | 748 | 57 | 1.1E-4 | ||
| SUPERFAMILY | 750 | 831 | 82 | 4.7E-17 | ||
| SMART | 755 | 826 | 72 | 1.0E-22 | ||
| CDD | 757 | 825 | 69 | 7.18191E-28 | – | |
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| Pfam | 764 | 826 | 63 | 8.5E-12 | ||
| MobiDBLite | 826 | 922 | 97 | - | – | |
| MobiDBLite | 844 | 880 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 895 | 915 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. | ||
| Molecular function | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity | Catalysis of the reaction: RNA(n+1) + phosphate <=> RNA(n) + a nucleoside diphosphate. | ||
| Biological process | RNA processing | Any process involved in the conversion of one or more primary RNA transcripts into one or more mature RNA molecules. | ||
| Biological process | MRNA catabolic process | The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of mRNA, messenger RNA, which is responsible for carrying the coded genetic 'message', transcribed from DNA, to sites of protein assembly at the ribosomes. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0648200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…