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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0433900 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0433900.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Lysine-specific demethylase; TAIR: AT1G63490.4 transcription factor jumonji (jmjC) domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|P29375|KDM5A_HUMAN Lysine-specific demethylase 5A; TrEMBL-Plants: tr|K7LMP3|K7LMP3_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0433900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:93046189..93061632) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GGAAGGAAGGTATAGAATAGATTACCGTAAATGGGGTGATTTTCAGAACCTGGGCTTCATTCACTCACTCACTCAGAGTT ACTAATATAAAACCTAACCAAACCACCCAGCTTTTTGTTATCTTTCTCACGAAACTTTTTCAGTGCGATACGGAACAAGA ACGAACCAACCTTCTAAATGAAACCACCAAGACTCACACACACACACACACACACACGACTTGACTTGACTTGTCATTTT TAATTCTCCAAAGGTAACTCAAATACTGCAACCTCTCTTCTCTGTTAGTCATTTATCATCATATTGCATTGTAATTTGCA ACAATCATCATGAATTGGGCTTGTTAGTTGATTAGCGATGGGGAAGGGTAAACCTAGGTCTGTGGAGAAAGGTGTGGTAG GGCCAACTCCCAGTGTTGCATCCTCCGCTATACCAGCGGCTCCTGTGTATTACCCTACTCATGATGAATTCAAGGATCCA TTAGACTTTATTTACAAGATTAGGCCTGAGGCTGAGCCTTATGGGATTTGTAGAATTGTGCCTCCTAAGGGTTGGAAACC CCCTTTTGCATTGGATCTGGACTCTTTCACTTTCCCTACCAAAACACAGGCCATCCACAAGCTGCAGTCGCGGCCTGCCG CCTCGGATTCCAAGACTTTTGATTTGGACTACTCTAGGTTTTTGAAGGATCATGGCGGCGGCGGCGGTAGGAAGTCGAGG AAAAGGGTTGTTTTCGAGGGGGAGGATTTGGACTTGTGTAAGCTTTTTAATGCGGTCAAAAGGTTCGGCGGGTATGATAA GGTTGTCGATGGGAAGAAATGGGGGGATGTTGCTAGGTTTGTCAGGTCTGGCGCGAAGGTTTCGGACTGTGCTAAACATG TGCTGTGTCAGTTGTATAGAGAGCATTTGTATGATTATGAGAATTTCTGTAAACTGATGAATCGAGGGACGGCTCGGAGT 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AATTAATGTAGAAAAGATTAGTTCTATACAGCTTAAAGTAGGTAGGACTTGATGGAAATTAGTTGATTTTATGGGTACAT ATTA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0433900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGGAAGGGTAAACCTAGGTCTGTGGAGAAAGGTGTGGTAGGGCCAACTCCCAGTGTTGCATCCTCCGCTATACCAGC GGCTCCTGTGTATTACCCTACTCATGATGAATTCAAGGATCCATTAGACTTTATTTACAAGATTAGGCCTGAGGCTGAGC CTTATGGGATTTGTAGAATTGTGCCTCCTAAGGGTTGGAAACCCCCTTTTGCATTGGATCTGGACTCTTTCACTTTCCCT ACCAAAACACAGGCCATCCACAAGCTGCAGTCGCGGCCTGCCGCCTCGGATTCCAAGACTTTTGATTTGGACTACTCTAG GTTTTTGAAGGATCATGGCGGCGGCGGCGGTAGGAAGTCGAGGAAAAGGGTTGTTTTCGAGGGGGAGGATTTGGACTTGT GTAAGCTTTTTAATGCGGTCAAAAGGTTCGGCGGGTATGATAAGGTTGTCGATGGGAAGAAATGGGGGGATGTTGCTAGG TTTGTCAGGTCTGGCGCGAAGGTTTCGGACTGTGCTAAACATGTGCTGTGTCAGTTGTATAGAGAGCATTTGTATGATTA TGAGAATTTCTGTAAACTGATGAATCGAGGGACGGCTCGGAGTGGTAAGAAAGAAGTGAAGGAGGACTGCAAGAGTGATC ATGGGGTACAGACTTCAGCGTTGTCTAAGAGGCATCATCACAAGAGTATAGGTGGCTCAGAAGTTAAGAATTGTAAAGTG AAAGAAGAAGAGCATGATCAGATTTGTGAGCAGTGCAAGAGTGGTTTGCATGGGGAGGTTATGCTCTTGTGCGATAGGTG TGATAAAGGATGGCATATTTATTGTCTTTCCCCGCCATTGAAGCAAATCCCTCCTGGAAACTGGTATTGTTTCAATTGCT TGAATTCTGATAGTGACAGCTTTGGTTTTGTACCTGGGAAGCATTATTCACTGGAAGCTTTTAGACGCATTGCTGAGCGG 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GTTGTGTGTAGTTGCAGGCCATCATCTTTTGTGTGTCTAGAGCACTGGGAACACCTTTGTGAGTGCAAAACTGTAAAACT TCGTCTTCTCTACCGTCACTCACTTGCAGAATTGTATGACTTGGCCTTTTCTATGGACAAATCTACTTCTGAGGACAAAG TGGAGTGTACAAGTGTTCGAAGGCAGTCTTCTTGTTTGAGCGCTTTGACAAAAAAGGTTAAAGGCGGCTCCATTACATAT GGTCAACGTGCTACAAAATGGCTTCAGCAATCTAGTACTATTCTTCAGAATGTATTTTTGACTGATGCATTTGTTATTGC ACTAAAGAAAGCTGAACAATTTGTTTGGGCTGGTTCTGAGATGGATTCTGTTAGGGATATGGTGAAGAAGTTGACTGAAG CAAAGAAATGGGCAGAAGGGATACGAGATTGTATGACAAAAATTGAGTTATGGTTGTCTTATCAGAACTCTAGCTTAAAC CAAATTCAAAACCCAATTCAATTTGAATTTGTTGATGAGTTGCTTAGATTTAATCCTGTACCATGCAATGAGCCTCATTA TCATAAATTGAAGGAATACACAGAAGAAGCAAGGCTGCTAATTCAGGAGATTGATACTGCTTTGTCAATGTGTTCCAAAA TGTCTGAGTTGGAACTTTTATACTCCCGAGCATGTGGCTTACCCATCTACATGAAAGAGAGTAAGAAATTAGAAGAAAAA ATTTCTTCAACTAAGGCATGGCTGGATATATTTAGAAAGTGCATCTCAGCCAAAGATCCTGCTGCATTGGAGGTTGATTT TCTTTACAAGTTAAAATCAGAGATTACGGATCTTCAAGTTCTACTCCCAGAGACAGATGAGCTGCAGAATCTCTTATGTC AAGCTGAATCTTGTAGTGCTCAGTGTCGTGATATGTTAGAAAGCCCCATGAATCTCAAGAGTGTCGGTTTGCTGCTTAAG GATTGGGACAACTTTACAGTTGATGTACCAGAGTTGAAGCTTCTAAGGCATTACTACTCGGATGCTATTTCGTGGGTTTC CTGCTTTAATGATGTTTTGGGGAGGGCTCACGAGCAGGAAGACCAATGTAATGCGGTTGATGAATTGAAGAGAATTTTTG ACGAAGGTTTATCTTTGAAAATTCAAGTTGATGAGTTGCCATTGGTTGAGATTGAGCTGAAGAAGGCTTATTGCCGAGAA AAAGCTTTTAAGGCACTTGATTCCAAGATGTCTCTGGAATTCATTCAGGAACTGTTGGATGAGGCCACAATGCTAGAAAT CAAGGGAGAGAAAGAGTTTGTCAATTTGTCTTCTGTGCTTGGTGTTGCCTTGCCTTGGGAGGAAAGGGCCAGAGAGATTC TTTCACATGAGGCTTCTATTTCTGACTTTGAGGACATGATCAGAGCTTCAGAAAACATATTTGCTATGCTTCCTTCACTT AATTATGTTAAAGAAGCATTATCAGAAGCTAATATCTGGTTAAGAAGTTCAAAGCCATATTTAGTTTCTACTTGTGCGTC AAGTTCTTTGCGAACTGTTGAGGAATTGAAGATGTTGGTTTCTCAATCAAAGCGTCTTAAAATATCTATGGAAGAAAGAA GGACACTTGAATTAGTTCTGAATAACTGCAAAATATGGGAGTATGAAGCATGTTCTCTTCTAGATGATGCTCGGCACCTC TTTGAGTTGGACAACACTGTACATGAAATAAGCAGTGACTTAATGTCTAGAGTGGAAGATTTGATTACAAGAATCCAATC TGCCATAGCATCCGGTGTATCACTTGGTTTTGACTTCAGTGATATTTCAAAACTTGAAGCATCTTGTTCTACACTGCGAT GGTGCAAAAGAGCCCTATCTTTCTGCAATTATTCTCCTTCTTTAGAGGATGTTTTGGAGGTTGCAGAAGCTCTATCTGAT TCCTCTGTTTCTGGTGCTTTGTTAAAAGTACTGGTTAATGGGGTTGAATGGCTTAGGAGAGCGACAGAGGGGATATCTCG ACCTCGCAATTCAAGAAGATGCAAATTGACTGATGTTCAGGCTGTTCTTACAGATTATCAGACTATTAAGATGACTTTTG CAGAAGTGAACTATCAGCTTGAAGAAGCCATTGGAAAACATAAGTTGTGGCAAGAGCAAGTGCATAATTTTTTTGGTTTA AGTTCTAGAGAACGAGCTTGGTCATCGATATTGCAGCTCAAGGAACTTGGAGATACGGTTGCCTTTAGTTGCTCTGAACT AGATTTGATATTATCTGAAGTTGAGATGGTGGAAAATTGGAAGAAAAGATGCATGGATAACATAGGATCTGTAGTCCAAA ATGAGAAATCCCTTCTTCATGCGCTAGAGAAGATAAAACAGACTCTAGATAGATCGTTGTTCATATATGACAACTCACAA GACTGGAAGGAACGAAATCTATGCTTCTACTGCTTCAATGATTCTGAAGATCAGGATTTTCTTAATTGTTCCACTTGTAT GGACCGCTATCACTTGCGGTGCATTGAACTAACAGCGAAAGACGCAGGCCTTGGAAACTTTAAGTGCCCTTATTGTAAAA AATTGAAGAGTGAATCCCAATTTTCGAATGAAGGCTCCCTCCTGAGGTTTGGGAAGAAGCGTATTGAATTGAATGCTCTT GTTGAACTTCTATCTGATGCTGAACATTTTTGTCTGTGGATTGGTGAAAGAGATGTTTTAAACCAGCTTGTTGAGAAAGC CCTTGCATGTAAATCTTGCTTGAGAGAAATAGTGAACCTTGCATCAGCTAATGTTGATGAAGATATTAGCGTCATCTCTG AAAAGTTGACCACTGCTTTAAAGGCTAGTGAAGTGGCTTGTGTCTATGATCAGCATGATAATTGTGCCCTGGAGCTAGCC TTAGCAAAAAACTTGTGGAAAATTCAAGTCAATAGGCTGTTAAATGGAGTACAGAAGCCAACTCTCCAAGGGATTCAGAA ACATCTGAAAAAGGGACTGGCTATGAAAATATCACCTGAAGATTACTATATGCTGAAACTTACAAATGTGAATTGCTTGG GTTTGCAGTGGGTAGAACTTGCCAAAAAGGTAGCGGTTGATTGTGGGGCACTCAGCCTAGATAAAGTTTTTGAGATTGTA GGGGAAGGTGAAAAGTTGCCGGTTGATGTAAATGAGGAACTCAAGATGCTAAGAGTTCGATGCATGCTTTATTGCATTTG TCGAAAGCCCTTTGATCCCGGAAGGATGATTGCTTGTTATCAATGTAATGAGTGGTATCACTTTGACTGCATGAAATTAC CGTGCACAAGCGAGGTCTACATTTGTCCTGCATGTAACCCGTCGTGTACAGGATTGCCAACTAACCATGACAGATTAACC AGTGGTAAATTTGAGGAGCCTAAAACTCCATCTCCCAGGCATACAAACCCAAGAAAGAAACAAAAAAGAGATGTGCATGC GACCAGGAATGAAGATAGTAGGAGCTTTAGGTATACTAGTGGGTTAGAATGTCTAAGGTGGCACAATCGAAAGCCTTTCA GAAGAGCAGTAAGGAAACGTGTTGAGCTTCAAAGTCTTTCTCTTCCCCCTTTCTATGCGCACAACAATAACTGTGCACAG TAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0433900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGKGKPRSVEKGVVGPTPSVASSAIPAAPVYYPTHDEFKDPLDFIYKIRPEAEPYGICRIVPPKGWKPPFALDLDSFTFP TKTQAIHKLQSRPAASDSKTFDLDYSRFLKDHGGGGGRKSRKRVVFEGEDLDLCKLFNAVKRFGGYDKVVDGKKWGDVAR FVRSGAKVSDCAKHVLCQLYREHLYDYENFCKLMNRGTARSGKKEVKEDCKSDHGVQTSALSKRHHHKSIGGSEVKNCKV KEEEHDQICEQCKSGLHGEVMLLCDRCDKGWHIYCLSPPLKQIPPGNWYCFNCLNSDSDSFGFVPGKHYSLEAFRRIAER STRRWFGQGPVSRVQIEKKFWEIVEGSVGEVEVMYGNDLDTSVYGSGFPRVADQKPQSIDEKLWLDYSTNPWNLNNLPKL KGSMLQAVHHNITGVMVPWLYIGMLFSSFCWHFEDHCFYSMNYLHWGEPKCWYSVPGSQASAFEKVMRSSLPDLFDAQPD LLFQLVTMLNPSVLQENGVPVYSILQEPGNFVITFPRSYHGGFNLGLNCAEAVNFAPADWIPHGAFGADLYQRYHKTAVL SHEELLCVVAQYGDVDSKVSPYLKKELLRISDKEKSWRAKLWKNGIIKSSRLAPRKCPKYVGTEEDPACIICQQYLYLSA VVCSCRPSSFVCLEHWEHLCECKTVKLRLLYRHSLAELYDLAFSMDKSTSEDKVECTSVRRQSSCLSALTKKVKGGSITY GQRATKWLQQSSTILQNVFLTDAFVIALKKAEQFVWAGSEMDSVRDMVKKLTEAKKWAEGIRDCMTKIELWLSYQNSSLN QIQNPIQFEFVDELLRFNPVPCNEPHYHKLKEYTEEARLLIQEIDTALSMCSKMSELELLYSRACGLPIYMKESKKLEEK ISSTKAWLDIFRKCISAKDPAALEVDFLYKLKSEITDLQVLLPETDELQNLLCQAESCSAQCRDMLESPMNLKSVGLLLK DWDNFTVDVPELKLLRHYYSDAISWVSCFNDVLGRAHEQEDQCNAVDELKRIFDEGLSLKIQVDELPLVEIELKKAYCRE KAFKALDSKMSLEFIQELLDEATMLEIKGEKEFVNLSSVLGVALPWEERAREILSHEASISDFEDMIRASENIFAMLPSL NYVKEALSEANIWLRSSKPYLVSTCASSSLRTVEELKMLVSQSKRLKISMEERRTLELVLNNCKIWEYEACSLLDDARHL FELDNTVHEISSDLMSRVEDLITRIQSAIASGVSLGFDFSDISKLEASCSTLRWCKRALSFCNYSPSLEDVLEVAEALSD SSVSGALLKVLVNGVEWLRRATEGISRPRNSRRCKLTDVQAVLTDYQTIKMTFAEVNYQLEEAIGKHKLWQEQVHNFFGL SSRERAWSSILQLKELGDTVAFSCSELDLILSEVEMVENWKKRCMDNIGSVVQNEKSLLHALEKIKQTLDRSLFIYDNSQ DWKERNLCFYCFNDSEDQDFLNCSTCMDRYHLRCIELTAKDAGLGNFKCPYCKKLKSESQFSNEGSLLRFGKKRIELNAL VELLSDAEHFCLWIGERDVLNQLVEKALACKSCLREIVNLASANVDEDISVISEKLTTALKASEVACVYDQHDNCALELA LAKNLWKIQVNRLLNGVQKPTLQGIQKHLKKGLAMKISPEDYYMLKLTNVNCLGLQWVELAKKVAVDCGALSLDKVFEIV GEGEKLPVDVNEELKMLRVRCMLYCICRKPFDPGRMIACYQCNEWYHFDCMKLPCTSEVYICPACNPSCTGLPTNHDRLT SGKFEEPKTPSPRHTNPRKKQKRDVHATRNEDSRSFRYTSGLECLRWHNRKPFRRAVRKRVELQSLSLPPFYAHNNNCAQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 1722 | 1721 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 1722 | 1721 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 12 | 112 | 101 | 5.5E-25 | – | |
| SMART | 27 | 68 | 42 | 6.4E-21 | ||
| ProSiteProfiles | 28 | 69 | 42 | 17.611 | ||
| Pfam | 29 | 62 | 34 | 6.7E-14 | ||
| SUPERFAMILY | 78 | 194 | 117 | 2.49E-21 | ||
| SMART | 92 | 188 | 97 | 5.8E-6 | – | |
| ProSiteProfiles | 95 | 192 | 98 | 17.834 | ||
| SMART | 96 | 193 | 98 | 1.7E-22 | ||
| CDD | 97 | 188 | 92 | 1.53292E-17 | – | |
| Pfam | 105 | 188 | 84 | 8.3E-11 | ||
| Gene3D | 115 | 208 | 94 | 2.4E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 242 | 296 | 55 | 3.1E-14 | ||
| ProSiteProfiles | 246 | 296 | 51 | 9.766 | ||
| Pfam | 248 | 295 | 48 | 3.0E-9 | ||
| SMART | 248 | 294 | 47 | 1.3E-10 | ||
| ProSitePatterns | 249 | 293 | 45 | - | ||
| CDD | 249 | 293 | 45 | 8.54666E-20 | – | |
| Gene3D | 283 | 558 | 276 | 3.0E-106 | – | |
| SUPERFAMILY | 372 | 567 | 196 | 2.61E-30 | – | |
| ProSiteProfiles | 386 | 552 | 167 | 39.452 | ||
| SMART | 386 | 552 | 167 | 6.5E-64 | ||
| Pfam | 419 | 535 | 117 | 1.1E-42 | ||
| Pfam | 629 | 680 | 52 | 5.4E-14 | ||
| Coils | 830 | 850 | 21 | - | – | |
| Pfam | 899 | 1186 | 288 | 1.4E-18 | ||
| Pfam | 1148 | 1403 | 256 | 4.2E-12 | ||
| Gene3D | 1389 | 1506 | 118 | 1.1E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 1437 | 1497 | 61 | 9.52E-9 | ||
| ProSiteProfiles | 1445 | 1495 | 51 | 8.849 | ||
| SMART | 1447 | 1493 | 47 | 0.0033 | ||
| ProSiteProfiles | 1448 | 1493 | 46 | 8.624 | ||
| ProSitePatterns | 1448 | 1492 | 45 | - | ||
| SUPERFAMILY | 1691 | 1748 | 58 | 1.82E-11 | ||
| Gene3D | 1699 | 1820 | 122 | 2.7E-11 | – | |
| SMART | 1704 | 1746 | 43 | 1.1E-8 | ||
| ProSitePatterns | 1705 | 1745 | 41 | - | ||
| MobiDBLite | 1760 | 1791 | 32 | - | – | |
| Coils | 1836 | 1840 | 5 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0433900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…